t_kahi’s blog

KNIMEやCellProfiler、創薬に関する記事と,日々のメモです

【KNIME, CellProfiler...】t_kahi's blog 記事まとめ

記事が増えてきて自身で探すのが難しくなってきたのでKNIMEとCellProfilerを中心に記事まとめを作成しました.
今後はこちらにもアップデートしていきます.

KNIME

KNIMEとデータ分析

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【KNIME】1標本・2標本t検定・カイ二乗検定をKNIMEで行う - t_kahi’s blog
【KNIME】箱ひげ図(box plot)を作成する:「Conditional box plot」 VS 「R view」 - t_kahi’s blog
【KNIME】One-way ANOVA(対応なし/対応あり)の結果を出力する - t_kahi’s blog
【KNIME】単回帰分析をKNIME Workflowで行う:「R snippet」&「Liner Regression Learner」 - t_kahi’s blog
【KNIME】重回帰分析をKNIME Workflowで行う - t_kahi’s blog
【KNIME】Kolmogorov–Smirnov検定(KS-test)をKNIME Workflowで行う - t_kahi’s blog
【KNIME】Tukeyの多重検定を「R node」で処理・可視化する - t_kahi’s blog
【KNIME】主成分分析(PCA)ノードを使って,主成分スコア・固有ベクトル・累積寄与率を出す - t_kahi’s blog
【KNIME】KNIMEでBootstrap:母集団の統計量(中央値)のばらつきを考える - t_kahi’s blog Click
【KNIME】線形判別分析 (Linear Discriminant Analysis) をKNIME Workflowで行う - t_kahi’s blog Click
【KNIME】決定木 (decision tree) をKNIME Workflowで行う - t_kahi’s blog Click
【KNIME】データ解析の妥当性を検証する交差検証(Cross Validation)のKNIME Workflow - t_kahi’s blog Click
【KNIME】〈前編〉KNIMEでRandom Forest:「Random Forest」ノードを使ったWorkflowの紹介 - t_kahi’s blog Click
【KNIME】〈中編〉KNIMEでRandom Forest:「Parameter Optimization」と「Cross Validation」の実行 - t_kahi’s blog Click
【KNIME】〈後編〉KNIMEでRandom Forest:Rのcaretパッケージを使ってRandom Forest - t_kahi’s blog Click
【KNIME】〈前編〉Support Vector Machine (SVM) のKNIME Workflowについて - t_kahi’s blog Click
【KNIME】〈後編〉Support Vector Machine (SVM) のKNIME Workflowについて:RとPythonノードの実行 - t_kahi’s blog

KNIMEとデータ処理

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【前半】KNIMEを使ってプレートのアッセイデータを解析する(プレートデータの読み込みとアッセイデータとの結合) - t_kahi’s blog
【後半】KNIMEを使ってプレートのアッセイデータを解析する(heatmap, IC50の算出) - t_kahi’s blog
【KNIME】CellProfilerの画像解析結果を可視化する - t_kahi’s blog Click
【KNIME】CellProfilerの画像解析データからZ-Scoreを算出して可視化する① - t_kahi’s blog Click
【KNIME】CellProfilerの画像解析データからZ-Scoreを算出して可視化する② - t_kahi’s blog Click
【KNIME】【HCS】Parameter Mutual Informationノード:情報が重複した特徴量を見つける - t_kahi’s blog
【CellProfiler】【KNIME】MeasureImageQualityでぼやけた画像を検出し,データセットから除去する - t_kahi’s blog Click
KNIME Workflowによる実験データ処理について〈前編:データの読み込みについて〉 - t_kahi’s blog
KNIME Workflowによる実験データ処理について〈後編:数字データの処理について〉 - t_kahi’s blog
【KNIME】実験デザインに応じてKNIME Workflowのループ処理を使い分ける - t_kahi’s blog

KNIMEとデータベース

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MGI(Mouse Genome Informatics)からマウスの表現型情報を取得して,KNIMEを使ってまとめてみた - t_kahi’s blog
【KNIME】MouseMineからマウスの表現型をとってきて,KNIMEを使ってまとめてみた - t_kahi’s blog
【KNIME】PubMedの検索結果(タイトル・出版年月日・アブストラクト等)をKNIMEを使ってまとめて取得する - t_kahi’s blog
【KNIME】KNIMEを使用し,薬理活性化合物の構造データからChEMBLを通じて標的候補分子情報を取得する - t_kahi’s blog
【KNIME】BioGRIDを使って,タンパク質相互作用の情報をまとめて取得する - t_kahi’s blog
【KNIME】化合物情報を基にChEMBLから作用メカニズム情報を取得する - t_kahi’s blog
【KNIME】遺伝子名からPDB IDをまとめて取得する - t_kahi’s blog
【KNIME】〈前編〉QuickFormが便利!PubMed APIで論文の要旨を取得する - t_kahi’s blog Click
【KNIME】〈後編〉QuickFormが便利!PubMed APIで論文の要旨を取得する - t_kahi’s blog Click

KNIMEその他

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【KNIME】複数行の内容をまとめてカラム名へ変更する - t_kahi’s blog
【KNIME】複数のExcelファイルをループを使って読み込み⇒加工⇒出力を行う - t_kahi’s blog
【KNIME】異なるデータ構造のファイルをループする - t_kahi’s blog
【KNIME】複数のデータからそれぞれ最小・最大値を含む行を除くKNIME Workflow - t_kahi’s blog
【KNIME】全てのカラムの数値データをループで処理する - t_kahi’s blog
【KNIME】Transpose rows to multiple columns by category - t_kahi’s blog
【KNIME】複数のデータからそれぞれ最小・最大値を含む行を除くKNIME Workflow - t_kahi’s blog Click
【KNIME】KNIME Workflowのサンプリングノードについて - t_kahi’s blog

CellProfiler

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【HCS】High Content ScreeningとCellProfilerについて - t_kahi’s blog
【CellProfiler】Example pipelineで画像解析の基礎を学ぶ① - t_kahi’s blog
【CellProfiler】Example pipelineで画像解析の基礎を学ぶ② - t_kahi’s blog
【CellProfiler】Example pipelineで画像解析の基礎を学ぶ③ - t_kahi’s blog
【CellProfiler】Example pipelineで画像解析の基礎を学ぶ④ - t_kahi’s blog
【CellProfiler】MeasureObjectIntensityで取得できる特徴量について - t_kahi’s blog
【CellProfiler】MeasureObjectSizeShapeで取得できる特徴量について - t_kahi’s blog
【CellProfiler】細胞内の粒子(ドット状の局在)を画像解析する - t_kahi’s blog
【CellProfiler】Metadataモジュールを使って,画像とアッセイ情報を紐付ける - t_kahi’s blog
【CellProfiler】MeasureTextureモジュールについて - t_kahi’s blog
【CellProfiler】薬理活性化合物を処理した細胞染色画像から特徴量を抽出する① - t_kahi’s blog
【CellProfiler】薬理活性化合物を処理した細胞染色画像から特徴量を抽出する② - t_kahi’s blog
【CellProfiler】【KNIME】MeasureImageQualityでぼやけた画像を検出し,データセットから除去する - t_kahi’s blog Click
【CellProfiler】MeasureTextureの測定で出力される「Scale」について - t_kahi’s blog
【CellProfiler】Transfluor Assayの画像データをCellProfilerで解析する - t_kahi’s blog Click