t_kahi’s blog

KNIMEやCellProfiler、創薬に関する記事と,日々のメモです

Markdown形式で書くことができる情報整理ツールの紹介(MDwiki, Blog, HackMD)

こんにちは,@PKです. 本日は,Markdown形式で書くことができる情報整理のツールについて紹介します. Mardownと情報収集 Markdownで書けるツール MDwiki Blog (Markdown) HackMD 終わりに Mardownと情報収集 Markdown(マークダウン)は、文書を記述するた…

【KNIME】化合物処理の時系列データから変化量を計算するKNIME Workflow

こんばんは,@PKです. 今回は化合物処理の時系列データから変化量を計算するKNIME Workflowについて紹介します. はじめに KNIME Workflowの概要 「Column Rename (Regex)」を使用してカラム名を変更 「Lag Column」で変化量を計算する 「Math Formula」で変…

初心者向けKNIME Analytics Platformのインストール方法

こんにちは,@PKです. 今回は本当に初心者のためのKNIMEインストール方法について紹介します. KNIME始めてみたいけど,インストールどうやるのだろう,という方向けの内容になっています. バージョン管理も考慮したインストール方法の詳しい解説は下記にも…

Mishima.syk #14に参加しました

こんにちは,@PKです. 昨日のmishima.syk#14でKNIMEについて話をさせていただきました. connpass.com 私以外にはIT系の話題や,@bonohuによる「CWLに関する話」,@antiplasticsの「一細胞オミックスのための新GSEA手法」など非常に技術・サイエンスレベルが…

【Metascape】遺伝子データセットをシグナルや機能ごとにクラスタリングする

こんばんは,@PKです. ある遺伝子のリストに含まれる遺伝子をシグナルや機能ごとにクラスタリングをしたいと思い,調べていたところ,Dr.Bonoの本にMetascapeを使って遺伝子リストから機能の情報を取得する項目がありました. 今更なのですが,このDr.Bono本…

KNIME WorkflowをGUI画面を介さずにコマンドプロンプトで実行する!(Windows)

こんばんは,@PKです. これまでブログで紹介してきたように,KNIMEはGUIの画面上でプログラムを実行するものですが,作り込んだWorkflowを定期的に実行する場合に,毎回KNIMEを立ち上げてWorkflowを開いて実行するのは少しめんどくさいですよね. 今回はGUI…

Comparison of diversity index (Quadratic entropy, Shannon entropy & Simpson index)

R

I posted blog about calculation of Quadratic Entropy (QE) before. www.t-kahi.com Today, I will calculate and compare the diversity indices, Quadratic Entropy (QE), Shannon Entropy & Simpson index. these diversity indices were used to evalu…

Calculate Rao's Quadratic Entropy (QE) to evaluate cell-cell heterogeneity for HCA

R

High Content Analysis (HCA) is one of the powerful tools for the drug discovery. High-content screening (HCS), also known as high-content analysis (HCA) or cellomics, is a method that is used in biological research and drug discovery to id…

【KNIME】KNIMEでクラスタリング(3):DBSCAN

こんばんは,@PKです. これまでk-meansや階層型クラスタリングなどのでクラスター分析について紹介しました. www.t-kahi.com www.t-kahi.com 今回はKNIMEでDBSCANクラスリングについて紹介します. DBSCANについて DBSCAN サンプルデータ作成 「DBSCAN」ノ…

【KNIME】KNIMEでクラスタリング(2):階層型クラスリング

こんばんは,@PKです. 前回KNIMEでクラスタリング(1)でk-meansでクラスター分析について紹介しました. www.t-kahi.com 今回はKNIMEでの階層型クラスリングについて紹介します. 階層型クラスタリングについて 階層型クラスタリング サンプルデータ作成 「Hi…

【CellProfiler】メタデータを扱う際にUTF-8のBOMでエラーが起きた

CellProfilerで解析をしているときに文字コードエラーで少し悩んだのでメモしておきます. CellProfilerで画像ファイルとメタデータ(画像ファイルとWell配置,処理条件などが記載されたファイル)を”Metadata”モジュールで紐つけて,実行したところ下記エラ…

【KNIME】KNIMEでクラスタリング(1):k-meansでクラスター分析

こんばんは,@PKです. クラスター分析といえば,階層型クラスタリングやk-meansなどが有名かと思いますが,KNIMEでもクラスター分析に関するノードがいくつか用意されています. 今回はクラスター分析に関するKNIMEノード紹介と,k-meansでクラスター分析を…

【CellProfiler】Transfluor Assayの画像データをCellProfilerで解析する

こんばんは,@PKです. 今回はTransfluor Assayの画像データセットを解析するCellProfilerのPipelineを紹介します. CellProfilerは,HCAの画像解析を行うフリーソフトウェアです. CellProfiler | Free open-source software for measuring and analyzing ce…

【CellProfiler】MeasureTextureの測定で出力される「Scale」について

以前CellProfilerのテクスチャ測定に関するモジュールについて紹介しました. www.t-kahi.com 「MeasureTexture」は質感が異なるようなオブジェクトを認識することができます. Measurement — CellProfiler 3.0.0 documentation このテクスチャーモジュール…

【KNIME】〈後編〉Support Vector Machine (SVM) のKNIME Workflowについて:RとPythonノードの実行

こんばんは,@PKです. 前回の記事では,Support Vector Machine (SVM) のKNIME Workflowについて紹介しました. www.t-kahi.com 今回はSVMのKNIME WorkflowをRやPythonのノードを使って行うWorkflowを紹介します. KNIME Workflow概要 「R Learner/Predictor…

【KNIME】〈前編〉Support Vector Machine (SVM) のKNIME Workflowについて

こんばんは,@PKです. 以前の記事では,Random Forestについて3回に分けてご紹介し,機械学習の基礎的な手法(テストデータ・学習データの分類,交差検証,パラメーター最適化)をKNIME Workflowで紹介しました. 【KNIME】〈前編〉KNIMEでRandom Forest:「…

Europe PMCを利用してbioRxivのkeyword-based RSS Feedを作成する

こんにちは,@PKです. bioRxivなどpreprint serverの文献は,生命科学分野でも増加しています. このようなpreprintはPubMed検索では引っかからないので,どのように情報を収集するかを考えていました. 今回はEurope PMCを利用してkeyword-based RSS Feedを…

「ウェブ進化論 本当の大変化はこれから始まる 」を読みました

こんばんは,@PKです. 解析待ちながらTwitterを見ていたら,@kzfmさんのブログが上がっていました. blog.kzfmix.com 梅田望夫さんの「ウェブ進化論」という名著かつ古典があります。既に13年以上も前に出版された本ですが未読であれば読んでおくことをおす…

【KNIME】〈後編〉KNIMEでRandom Forest:Rのcaretパッケージを使ってRandom Forest

こんばんは,@PKです. これまでRandom ForestをKNIMEで行うためのノード紹介やパラメーターの最適化などを紹介してきました. www.t-kahi.com www.t-kahi.com 今回は〈後編〉ということで,これまで〈前編〉〈中編〉でKNIMEの専用ノードで行った処理を,Rのc…

【KNIME】〈中編〉KNIMEでRandom Forest:「Parameter Optimization」と「Cross Validation」の実行

こんばんは,@PKです. 前回の記事では〈前編〉KNIMEでRandom Forestということで,「Random Forest Learner/Predictor」を使って学習モデルの作成やテストデータの予測などを紹介しました. www.t-kahi.com しかし,実際にRandom Forestを行う際は,学習デー…

【KNIME】〈前編〉KNIMEでRandom Forest:「Random Forest」ノードを使ったWorkflowの紹介

こんばんは,@PKです. 以前,ブログで「Bootstrap」と「Decision Tree」についてそれぞれ紹介しました. www.t-kahi.com www.t-kahi.com このBootstrap SamplingとDecision Treeを組み合わせた機械学習の手法が「Random Forest」です. 今日は機械学習の手法…

【KNIME】データ解析の妥当性を検証する交差検証(Cross Validation)のKNIME Workflow

こんばんは,@PKです. 前回,決定木(Decision Tree)をKNIME Workflowで行う手法についてご紹介しました. www.t-kahi.com 今回は,前回ご紹介した決定木のWorkflowを使って,モデルの検証手法である,交差検証(Cross Validation)ノードの紹介をしたいと…

【KNIME】決定木 (decision tree) をKNIME Workflowで行う

こんばんは,@PKです. 前回の記事では線形判別分析(LDA)のKNIME Workflowをご紹介しました. www.t-kahi.com LDAは複数のクラスのデータを最も良く判別できるように線を引く,というイメージでした. 異なる判別分析の手法として決定木(decision tree)によ…

【KNIME, CellProfiler...】t_kahi's blog 記事まとめ

記事が増えてきて自身で探すのが難しくなってきたのでKNIMEとCellProfilerを中心に記事まとめを作成しました. 今後はこちらにもアップデートしていきます. KNIME KNIMEのインストール方法について KNIMEとデータ分析 KNIMEとデータ処理 KNIMEとデータベー…

【KNIME】線形判別分析 (Linear Discriminant Analysis) をKNIME Workflowで行う

こんにちは,@PKです. 今日は判別分析の一種である線形判別分析(Linear Discriminant Analysis)のKNIME Workflowについて紹介したいと思います. 線形判別分析(Linear Discriminant Analysis) とは KNIME Workflowの概要 「Linear Discrimination Analysis」…

【KNIME】KNIMEでBootstrap:母集団の統計量(中央値)のばらつきを考える

こんばんは,@PKです. 先日KNIMEで使用できるサンプリングノードに関する紹介をしました. www.t-kahi.com 今日はこの中でも,「Bootstrap sampling」を利用したBootstrap法を使って,母集団の統計量(今回は中央値)のばらつきを出すKNIME Worklowを紹介し…

【KNIME】KNIME Workflowのサンプリングノードについて

こんばんは,@PKです. KNIME Workflowでデータのサンプリングをする方法をいくつか調べていたのですが,主に3つのサンプリング手法のノードが提供されているようです. それぞれのノードを使った詳細なWorkflowは別の機会で紹介したいので,今回はそれぞれの…

【KNIME】複数のデータからそれぞれ最小・最大値を含む行を除くKNIME Workflow

こんばんは,@PKです. 同僚から相談があり,複数のデータからそれぞれ最小・最大値を含む行を除きたい,と相談があって調べていました. イメージとしては以下の通りで,それぞれの条件のデータから"Cell Count"が最小値・最大値のデータを除いて出力する,…

【KNIME】〈後編〉QuickFormが便利!PubMed APIで論文の要旨を取得する

こんばんは,@PKです. QuickFormノードを使ってPubMed検索ワード入力を行い,PubMed APIで論文アブストラクトを取得するKNIME Workflowの紹介です. Workflowの概要とQuickformについては前編で紹介しております. QuickForm素敵なので,ご覧になっていない…

【KNIME】〈前編〉QuickFormが便利!PubMed APIで論文の要旨を取得する

こんばんは,@PKです. PubMed APIを使って論文の情報をKNIME上で取得する,という内容について以前ブログで紹介しました. 【KNIME】PubMedの検索結果(タイトル・出版年月日・アブストラクト等)をKNIMEを使ってまとめて取得する - t_kahi’s blog 今日は少し…