こんばんは，@PKです.
先日、行動薬理試験を効率化したいという話になったので、その辺りの効率化ができそうなOSSを調べていて、DeepLabCutというのが良いらしいので少し試してみました．
DeepLabCut — The Mathis Lab of Adaptive Motor Control
このソフトウェアはCUIでも操作できるしGUIでも実施可能みたいで、自分はCUIでサクサクできないのでGUIが用意してあると非常にありがたい．．．
基本的には下記ブログに細かくデモ動画の解析方法が書かれているので、まずは実際に触ってみるのが一番勉強になります．
note.com
環境設定については上記に書いてなかったので以下メモ．
自分はMac OSでAnacondaが入っているので下記の通りに進めました．
DeepLabCut/README.md at master · DeepLabCut/DeepLabCut · GitHub
- anaconda install
- www.deeplabcut.orgの一番下の"DOWNLOAD CONDA FILE FOR CPU"をクリックしてyamlファイルをDL
conda env create -f DLC-CPU.yamlconda activate DLC-CPUpythonw -m deeplabcut
この操作でGUI画面が出てくるのであとはブログと同じように操作を一通り練習して、それなりにトラッキングできていることを確認．
一回全部動作確認してから論文を読むと内容が深まってとてもよかったです．
Using DeepLabCut for 3D markerless pose estimation across species and behaviors | Nature Protocols
プログラム不慣れな方でもデモであればGUIで動かせるので試せてよかったです．実際の動物実験に使用可能かは全然わからないですけど試してみようと思いました．
