2019-01-01から1年間の記事一覧
こんばんは，@PKです. はじめに Target validation Hit discovery process Assay development Defining a hit series Hit-to-lead & Lead optimization phase 最後に reference はじめに 今回のブログでは，「Principles of early drug discovery」という文…
こんにちは，@PKです. こちらは，創薬アドベントカレンダー（Wet）21日目の記事です． 創薬 (wet) Advent Calendar 2019 - Adventar この記事では，「Target-focused phenotype screening」について，紹介します． Target-based screening & Phenotypic scre…
こんにちは，@PKです. こちらは，創薬アドベントカレンダー（Wet）4日目の記事です． 創薬 (wet) Advent Calendar 2019 - Adventar 創薬アドベントカレンダー1~3日目ではCellProfilerの使い方を紹介しましたが，（創薬Wet記事というよりはCellProfilerの使い…
こんにちは，@PKです. こちらは，創薬アドベントカレンダー（Wet）3日目の記事です． 創薬 (wet) Advent Calendar 2019 - Adventar 1日目と2日目の記事は下記になります． 【CellProfiler】Example pipeline（Fruit fly cells）で画像解析の基礎を学ぶ①：画…
こんにちは，@PKです. こちらは，創薬アドベントカレンダー（Wet）2日目の記事です． 創薬 (wet) Advent Calendar 2019 - Adventar 1日目にはExample pipeline（Fruit fly cells）で画像解析の基礎を学ぶ①で使用する「Fruit fly cells Pipeline」の概要と，…
こんばんは，@PKです. 創薬アドベントカレンダー（Wet）1日目の記事です． 創薬 (wet) Advent Calendar 2019 - Adventar 今回は，High Content Analysisの画像解析ツールCellProfilerの使い方について，簡単ではありますが紹介したいと思います． 以前ブログ…
こんにちは，@PKです. 本日は，Markdown形式で書くことができる情報整理のツールについて紹介します． Mardownと情報収集 Markdownで書けるツール MDwiki Blog (Markdown) HackMD 終わりに Mardownと情報収集 Markdown（マークダウン）は、文書を記述するた…
こんばんは，@PKです. 今回は化合物処理の時系列データから変化量を計算するKNIME Workflowについて紹介します． はじめに KNIME Workflowの概要 「Column Rename (Regex)」を使用してカラム名を変更 「Lag Column」で変化量を計算する 「Math Formula」で変…
こんにちは，@PKです. 今回は本当に初心者のためのKNIMEインストール方法について紹介します． KNIME始めてみたいけど，インストールどうやるのだろう，という方向けの内容になっています． バージョン管理も考慮したインストール方法の詳しい解説は下記にも…
こんにちは，@PKです. 昨日のmishima.syk#14でKNIMEについて話をさせていただきました． connpass.com 私以外にはIT系の話題や，@bonohuによる「CWLに関する話」，@antiplasticsの「一細胞オミックスのための新GSEA手法」など非常に技術・サイエンスレベルが…
こんばんは，@PKです. ある遺伝子のリストに含まれる遺伝子をシグナルや機能ごとにクラスタリングをしたいと思い，調べていたところ，Dr.Bonoの本にMetascapeを使って遺伝子リストから機能の情報を取得する項目がありました． 今更なのですが，このDr.Bono本…
こんばんは，@PKです. これまでブログで紹介してきたように，KNIMEはGUIの画面上でプログラムを実行するものですが，作り込んだWorkflowを定期的に実行する場合に，毎回KNIMEを立ち上げてWorkflowを開いて実行するのは少しめんどくさいですよね． 今回はGUI…
I posted blog about calculation of Quadratic Entropy (QE) before. www.t-kahi.com Today, I will calculate and compare the diversity indices, Quadratic Entropy (QE), Shannon Entropy & Simpson index. these diversity indices were used to evalu…
High Content Analysis (HCA) is one of the powerful tools for the drug discovery. High-content screening (HCS), also known as high-content analysis (HCA) or cellomics, is a method that is used in biological research and drug discovery to id…
こんばんは，@PKです. これまでk-meansや階層型クラスタリングなどのでクラスター分析について紹介しました． www.t-kahi.com www.t-kahi.com 今回はKNIMEでDBSCANクラスリングについて紹介します． DBSCANについて DBSCAN サンプルデータ作成 「DBSCAN」ノ…
こんばんは，@PKです. 前回KNIMEでクラスタリング(1)でk-meansでクラスター分析について紹介しました． www.t-kahi.com 今回はKNIMEでの階層型クラスリングについて紹介します． 階層型クラスタリングについて 階層型クラスタリング サンプルデータ作成 「Hi…
CellProfilerで解析をしているときに文字コードエラーで少し悩んだのでメモしておきます． CellProfilerで画像ファイルとメタデータ（画像ファイルとWell配置，処理条件などが記載されたファイル）を”Metadata”モジュールで紐つけて，実行したところ下記エラ…
こんばんは，@PKです. クラスター分析といえば，階層型クラスタリングやk-meansなどが有名かと思いますが，KNIMEでもクラスター分析に関するノードがいくつか用意されています． 今回はクラスター分析に関するKNIMEノード紹介と，k-meansでクラスター分析を…
こんばんは，@PKです. 今回はTransfluor Assayの画像データセットを解析するCellProfilerのPipelineを紹介します． CellProfilerは，HCAの画像解析を行うフリーソフトウェアです． CellProfiler | Free open-source software for measuring and analyzing ce…
以前CellProfilerのテクスチャ測定に関するモジュールについて紹介しました． www.t-kahi.com 「MeasureTexture」は質感が異なるようなオブジェクトを認識することができます． Measurement — CellProfiler 3.0.0 documentation このテクスチャーモジュール…
こんばんは，@PKです. 前回の記事では，Support Vector Machine (SVM) のKNIME Workflowについて紹介しました． www.t-kahi.com 今回はSVMのKNIME WorkflowをRやPythonのノードを使って行うWorkflowを紹介します． KNIME Workflow概要 「R Learner/Predictor…
こんばんは，@PKです. 以前の記事では，Random Forestについて3回に分けてご紹介し，機械学習の基礎的な手法（テストデータ・学習データの分類，交差検証，パラメーター最適化）をKNIME Workflowで紹介しました． 【KNIME】〈前編〉KNIMEでRandom Forest：「…
こんにちは，@PKです. bioRxivなどpreprint serverの文献は，生命科学分野でも増加しています． このようなpreprintはPubMed検索では引っかからないので，どのように情報を収集するかを考えていました． 今回はEurope PMCを利用してkeyword-based RSS Feedを…
こんばんは，@PKです. 解析待ちながらTwitterを見ていたら，@kzfmさんのブログが上がっていました． blog.kzfmix.com 梅田望夫さんの「ウェブ進化論」という名著かつ古典があります。既に13年以上も前に出版された本ですが未読であれば読んでおくことをおす…
こんばんは，@PKです. これまでRandom ForestをKNIMEで行うためのノード紹介やパラメーターの最適化などを紹介してきました． www.t-kahi.com www.t-kahi.com 今回は〈後編〉ということで，これまで〈前編〉〈中編〉でKNIMEの専用ノードで行った処理を，Rのc…
こんばんは，@PKです. 前回の記事では〈前編〉KNIMEでRandom Forestということで，「Random Forest Learner/Predictor」を使って学習モデルの作成やテストデータの予測などを紹介しました． www.t-kahi.com しかし，実際にRandom Forestを行う際は，学習デー…
こんばんは，@PKです. 以前，ブログで「Bootstrap」と「Decision Tree」についてそれぞれ紹介しました． www.t-kahi.com www.t-kahi.com このBootstrap SamplingとDecision Treeを組み合わせた機械学習の手法が「Random Forest」です． 今日は機械学習の手法…
こんばんは，@PKです. 前回，決定木（Decision Tree）をKNIME Workflowで行う手法についてご紹介しました． www.t-kahi.com 今回は，前回ご紹介した決定木のWorkflowを使って，モデルの検証手法である，交差検証（Cross Validation）ノードの紹介をしたいと…
こんばんは，@PKです. 前回の記事では線形判別分析（LDA）のKNIME Workflowをご紹介しました． www.t-kahi.com LDAは複数のクラスのデータを最も良く判別できるように線を引く，というイメージでした． 異なる判別分析の手法として決定木(decision tree)によ…
記事が増えてきて自身で探すのが難しくなってきたのでKNIMEとCellProfilerを中心に記事まとめを作成しました． 今後はこちらにもアップデートしていきます． KNIME KNIMEのインストール方法について KNIMEとデータ分析 KNIMEとデータ処理 KNIMEとデータベー…
