t_kahi’s blog

KNIMEやCellProfiler、創薬に関する記事と,日々のメモです

Drug Discovery

薬理学やassay系構築の基礎を学べる本・文献

こんばんは,@PKです. そろそろ新人が入ってくる時期になりましたが、最近色々と勉強し直していて、良いなと思う本・文献がありましたので、ここで紹介しておきます. 自分がそうだったのですが、以下のようなイメージの方にはとても参考になると思います. …

GOT-IT frameworkを用いた創薬標的バリデーションのススメ

こちらは創薬Advent Calender1日目の記事です! 今回は GOT-IT frameworkを用いた創薬標的のバリデーションについて紹介したいと思います. はじめに GOT-IT frameworkについて AB1とAB2について AB4とAB5について クリティカルパスの重要性 はじめに これま…

「クリティカルチェーン」を読みました

こんにちは,@PKです. クリティカルパスについて知りたかったのと、「なぜ、プロジェクトは予定どおり進まないのか?」というキャッチコピーが良かったのでクリティカルチェーンという本を読みました(今週は締め切りの資料が無くて、心に余裕があった). …

Pfizer社のPhase II success rateに関する総説を読んで

こんばんは,@PKです. Drug Discovery TodayでPfizer社のPhase II成功確率が向上した理由について考察したreviewがopen accessで公開されていました. www.sciencedirect.com このreviewではPfizer社がPhase IIの成功確率を2010-2020で19%から53%まで向上さ…

Open Targetsについて:最近の変更点と個人的に気をつけていること

こんにちは,@PKです. 今日はOpen Targetsについて,気になった最近の変更点や,使う際に自身が気をつけていることについて紹介します. はじめに 変更点について 疾患がより細かく分類されていた 「Pharmacovigilance」:医薬品の副作用情報の追加 標的分子…

非臨床段階における低分子創薬の流れについて(基礎)

こんばんは,@PKです. はじめに Target validation Hit discovery process Assay development Defining a hit series Hit-to-lead & Lead optimization phase 最後に reference はじめに 今回のブログでは,「Principles of early drug discovery」という文…

Target-focused phenotypic screeningについて

こんにちは,@PKです. こちらは,創薬アドベントカレンダー(Wet)21日目の記事です. 創薬 (wet) Advent Calendar 2019 - Adventar この記事では,「Target-focused phenotype screening」について,紹介します. Target-based screening & Phenotypic scre…

【CellProfiler】Transfluor Assayの画像データをCellProfilerで解析する

こんばんは,@PKです. 今回はTransfluor Assayの画像データセットを解析するCellProfilerのPipelineを紹介します. CellProfilerは,HCAの画像解析を行うフリーソフトウェアです. CellProfiler | Free open-source software for measuring and analyzing ce…

キナーゼ活性評価におけるAssay Wallについて

こんばんは,@PKです. 自分は,細胞評価系を専門にしておりますが,以前キナーゼや酵素評価系を専門にしている同僚と話した時にキナーゼアッセイのAssay Wallの話を伺い,とても勉強になったのでメモしておきます. Assay Wall(アッセイウォール)という単…