2018-01-01から1年間の記事一覧
こんばんは，@PKです. CellProfilerのExample pipelineを使って画像解析を学ぶ第3回です． t-kahi.hatenablog.com 前回，IdentifyPrimaryObjectsでAdvanced settingに少し触れて終わりましたので，今回はその内容について少し紹介したいと思います． Advance…
こんばんは，@PKです. 前回の続きでExamplePipelineの処理を確認しながらCellProfilerの使い方に慣れていきます． t-kahi.hatenablog.com 今回はPipeineの順番通りに各処理を確認していきますが，「Image」から「IdentifyPrimaryObjects」までを紹介したいと…
こんにちは，@PKです. 前回のブログでCellProfilerについて紹介をしました． t-kahi.hatenablog.com CellProfilerのサイトはこちら cellprofiler.org 今回はCellProfilerのサイトからダウンロードできるサンプルパイプラインについて，画像処理・解析の簡単…
こんばんは，@PKです. 創薬 Advent Calendar 2018がまだ空いていたので，駄文ですが25日目の記事として載せてさせてください． 今日はスクリーニング技術の一つである，high content screening(HCS)と，HCS用画像解析ソフト CellProfilerについて簡単に紹介…
こんにちは、@PKです. 創薬 Advent Calendar 2018の7日目の記事です． 今回は，「ターゲットバリデーション」という創薬プロセスについて，私がどのように考えているのかをご紹介したいと思います． 「ターゲットバリデーション」の意味を調べると以下のよう…
こんにちは、@PKです. 創薬 Advent Calendar 2018の5日目の記事です． 複数の創薬のターゲット分子がどのような因子と相互作用しているか調査をしたいと思い，BioGRIDというデータベースを使って，タンパク質相互作用の情報をまとめて取得することをKNIMEを…
こんばんは． 今日はプラセボ効果に対する興味深い記事を読んだので，紹介したいと思います． 本記事のタイトルと内容はこの論文から引用しています． Does the word “placebo” evoke a placebo response? 神経障害性疼痛治療薬の臨床試験ではプラセボ効果が…
こんばんは． 目的の遺伝子の機能を調べるときに，遺伝子発現が高い細胞株を用いて実験をしたい（できれば自分が持っている細胞だとありがたい…）と思い，データベースを調べていました． 遺伝子発現を検索するためのデータベースは以下に示すようなものや，…
KNIMEを使っていて，苦手と感じてどうしてもうまく使うことができなかったLoopとVariableをようやく使うようになったので(今更ですね…)，メモもかねて，自分がよく使う処理をまとめておきます． t-kahi.hatenablog.com 上記リンクのような実験を複数行う場合…
アッセイデータをKNIMEで編集するとき，複数行のデータを一つにまとめてカラムの名前に変更したいと思ったのですが，すんなりできなかったので，メモ代わりにまとめておきます． やりたいことは以下のような処理です． 数値データの解析がしたいので，文字列…
「KNIMEを使ってプレートのアッセイデータを解析する」という内容の後半部分について説明をしたいと思います． 解析といっても，今回は得られたデータをヒートマップで表示するということと，化合物の阻害活性IC50値を算出するということをKNIME上で行います…
約３か月ぶりの投稿になってしまいましたが，久々にKNIMEに関する記事を書いています． 今日は，96プレート，384プレートなどを使って，酵素アッセイや細胞評価アッセイを行った結果から，シグモイドのフィッティングやIC50値の算出を行う，ということをKNIM…
先日行われたMishima.syk #12の勉強会で，KNIMEを使って外部DBからデータを取得するということをお話しさせていただく機会をいただきました． Mishima.syk #12 - connpass 皆さんからいろんなアドバイスをいただくことができて非常に良い機会でしたので，引…
PubMedで検索した結果(タイトル・出版年月日・アブストラクト等)を複数取得したいと思い，KNIMEを使用してまとめてみました． 下記ブログでpythonなどを使って論文情報を取得していることを，今回はKNIMEを使って行いました． PubMed APIの書き方などは以下…
前回，MGIのサイトから表現型の全データをダウンロードしてきて，KNIMEを使ってまとめてみました． http://t-kahi.hatenablog.com/entry/2018/05/01/003455 全データを取得することができるのですが，ある特定の表現型のデータだけで十分という場合は多いと…
創薬ターゲット分子の重要な情報の一つに，ノックアウトマウスの表現型データがあります． 例えば，何か標的分子の阻害剤を作りたいと考えたとき，表現型のデータを見ることで，その遺伝子を抑えた際に一番強く出る作用を観察することができます．（もちろん…
open targetを少しだけ使ったのでメモ open targets のサイトへ行き、好きなターゲット分子、疾患を検索 今回は"pain"を検索してみた すると以下のような画面へと移る この右側のリストに"pain"に関連するターゲットすべてが示されており、association score…
今週末は会社の同僚の誕生日だったのでケーキを買いに行こう、伊豆には美味しいイタリアンロールを売っているお店があると教えてもらったので行くことにした． お店の名前は「ふくや」といって沼津と伊豆長岡にそれぞれ店舗があるらしい． 土曜日の三時ごろ…
