t_kahi’s blog

KNIMEやCellProfiler、創薬に関する記事と,日々のメモです

CellProfiler

【CellProfiler】メタデータを扱う際にUTF-8のBOMでエラーが起きた

CellProfilerで解析をしているときに文字コードエラーで少し悩んだのでメモしておきます. CellProfilerで画像ファイルとメタデータ(画像ファイルとWell配置,処理条件などが記載されたファイル)を”Metadata”モジュールで紐つけて,実行したところ下記エラ…

【CellProfiler】Transfluor Assayの画像データをCellProfilerで解析する

こんばんは,@PKです. 今回はTransfluor Assayの画像データセットを解析するCellProfilerのPipelineを紹介します. CellProfilerは,HCAの画像解析を行うフリーソフトウェアです. CellProfiler | Free open-source software for measuring and analyzing ce…

【CellProfiler】MeasureTextureの測定で出力される「Scale」について

以前CellProfilerのテクスチャ測定に関するモジュールについて紹介しました. www.t-kahi.com 「MeasureTexture」は質感が異なるようなオブジェクトを認識することができます. Measurement — CellProfiler 3.0.0 documentation このテクスチャーモジュール…

【CellProfiler】【KNIME】MeasureImageQualityでぼやけた画像を検出し,データセットから除去する

こんばんは,@PKです. 今回はハイコンテントアナリシスで撮影した画像に含まれているノイズやぼやけた画像を検出する手法について紹介したいと思います. はじめに CellProfilerの「MeasureImageQuality」モジュールについて KNIMEを使ってぼやけた画像をデ…

【KNIME】【HCS】Parameter Mutual Informationノード:情報が重複した特徴量を見つける

こんにちは,@PKです. 前回,CellProfilerの画像解析結果を,KNIMEで読み込み,Z-scoreの算出⇒可視化,というワークフローを紹介しました. t-kahi.hatenablog.com その際に,複数の特徴量をheatmapを使って可視化する処理について紹介しましたが,この特徴…

【KNIME】CellProfilerの画像解析データからZ-Scoreを算出して可視化する②

こんばんは,@PKです. 前回の記事で,HCSの画像データをCellProfilerで解析⇒Z-Scoreを可視化するという取り組み①を紹介しました. t-kahi.hatenablog.com 今回は,以下ワークフロー②の部分(interactive Heatmapを使った可視化と選んだデータの画像を表示)…

【KNIME】CellProfilerの画像解析データからZ-Scoreを算出して可視化する①

こんにちは,@PKです. 以前に,CellProfilerを使って薬理活性化合物を処理した細胞染色画像の解析について紹介しました. t-kahi.hatenablog.com t-kahi.hatenablog.com 384well plate1枚分の画像を解析しただけですが,384well x 9field = 3456行のデータ…

【CellProfiler】薬理活性化合物を処理した細胞染色画像から特徴量を抽出する②

こんにちは,@PKです. 前回のブログでCellProfilerを使って細胞から様々な特徴量を抽出する取り組みを紹介しました.今回はその続きです. t-kahi.hatenablog.com ミトコンドリアや小胞体,ゴルジ体などの細胞小器官のオブジェクト認識と,特徴量の抽出など…

【CellProfiler】薬理活性化合物を処理した細胞染色画像から特徴量を抽出する①

こんにちは,@PKです. mishima.syk13で,CellProfilerで画像解析をしたデータをKNIMEを使って可視化する,という取り組みについて発表する機会をいただけました. 拙い内容でしたが皆さんから意見や感想をいただくことができて本当に勉強になった一日を過ご…

【CellProfiler】MeasureTextureモジュールについて

こんばんは,@PKです. 今日はCellProfilerの「MeasureTexture」というモジュールについて紹介したいと思います. はじめに MeasureTextureの設定 Measurement parameter 最後に はじめに これまで画像から特徴量を抽出する際は,「MeasureObjectIntensity」…

【CellProfiler】Metadataモジュールを使って,画像とアッセイ情報を紐付ける

こんばんは,@PKです. 今日でこのブログは一周年だそうです. 引き続きKNIMEやCellProfilerについて紹介をしていきたいと思います. さて,これまでCellProfilerで紹介してきた画像解析は,以下のように,各染色画像が1枚ずつのデータを取り扱ってきました…

【CellProfiler】細胞内の粒子(ドット状の局在)を画像解析する

こんにちは,@PKです. 創薬スクリーニングで使用されるHCS(high content screening )では,様々な細胞内の特徴量を解析することができます. 【HCS】High Content ScreeningとCellProfilerについて - t_kahi’s blog その中でも細胞内の粒子(Speckles)を解…

【CellProfiler】MeasureObjectSizeShapeで取得できる特徴量について

こんばんは,@PKです. 以前,CellProfilerに関する記事を書いたときに,「MeasureObjectSizeShape」モジュールで取得できる特徴量について,細かく触れることができませんでした. t-kahi.hatenablog.com 今回は「MeasureObjectSizeShape」でどのような特徴…

【CellProfiler】MeasureObjectIntensityで取得できる特徴量について

こんばんは,@PKです. 以前,CellProfilerに関する記事を書いたときに,「MeasureObjectIntensity」モジュールで取得できる特徴量について,細かく触れることができませんでした. t-kahi.hatenablog.com 今回は「MeasureObjectIntensity」でどのような特徴…

【KNIME】CellProfilerの画像解析結果を可視化する

こんにちは,@PKです. 前回の記事でCellProfilerのExample pipelineを紹介しました. t-kahi.hatenablog.com この記事では,CellProfilerを使って核染色,細胞質染色,PH3(リン酸化ヒストンH3)を染色した画像データから,以下のように「核」「細胞」「PH3」…

【CellProfiler】Example pipelineで画像解析の基礎を学ぶ④

こんばんは,@PKです. CellProfilerのExample pipelineを使って画像解析を学ぶ第4回です. 前回はこちら. t-kahi.hatenablog.com 今回は,オブジェクト同士の関係性を設定するモジュールや,2次オブジェクトの設定の部分を中心に最後まで紹介していきます.…

【CellProfiler】Example pipelineで画像解析の基礎を学ぶ③

こんばんは,@PKです. CellProfilerのExample pipelineを使って画像解析を学ぶ第3回です. t-kahi.hatenablog.com 前回,IdentifyPrimaryObjectsでAdvanced settingに少し触れて終わりましたので,今回はその内容について少し紹介したいと思います. Advance…

【CellProfiler】Example pipelineで画像解析の基礎を学ぶ②

こんばんは,@PKです. 前回の続きでExamplePipelineの処理を確認しながらCellProfilerの使い方に慣れていきます. t-kahi.hatenablog.com 今回はPipeineの順番通りに各処理を確認していきますが,「Image」から「IdentifyPrimaryObjects」までを紹介したいと…

【CellProfiler】Example pipelineで画像解析の基礎を学ぶ①

こんにちは,@PKです. 前回のブログでCellProfilerについて紹介をしました. t-kahi.hatenablog.com CellProfilerのサイトはこちら cellprofiler.org 今回はCellProfilerのサイトからダウンロードできるサンプルパイプラインについて,画像処理・解析の簡単…

【HCS】High Content ScreeningとCellProfilerについて

こんばんは,@PKです. 創薬 Advent Calendar 2018がまだ空いていたので,駄文ですが25日目の記事として載せてさせてください. 今日はスクリーニング技術の一つである,high content screening(HCS)と,HCS用画像解析ソフト CellProfilerについて簡単に紹介…