t_kahi’s blog

KNIMEやCellProfiler、創薬に関する記事と,日々のメモです

2018-12-01から1ヶ月間の記事一覧

【CellProfiler】Example pipelineで画像解析の基礎を学ぶ③

こんばんは,@PKです. CellProfilerのExample pipelineを使って画像解析を学ぶ第3回です. t-kahi.hatenablog.com 前回,IdentifyPrimaryObjectsでAdvanced settingに少し触れて終わりましたので,今回はその内容について少し紹介したいと思います. Advance…

【CellProfiler】Example pipelineで画像解析の基礎を学ぶ②

こんばんは,@PKです. 前回の続きでExamplePipelineの処理を確認しながらCellProfilerの使い方に慣れていきます. t-kahi.hatenablog.com 今回はPipeineの順番通りに各処理を確認していきますが,「Image」から「IdentifyPrimaryObjects」までを紹介したいと…

【CellProfiler】Example pipelineで画像解析の基礎を学ぶ①

こんにちは,@PKです. 前回のブログでCellProfilerについて紹介をしました. t-kahi.hatenablog.com CellProfilerのサイトはこちら cellprofiler.org 今回はCellProfilerのサイトからダウンロードできるサンプルパイプラインについて,画像処理・解析の簡単…

【HCS】High Content ScreeningとCellProfilerについて

こんばんは,@PKです. 創薬 Advent Calendar 2018がまだ空いていたので,駄文ですが25日目の記事として載せてさせてください. 今日はスクリーニング技術の一つである,high content screening(HCS)と,HCS用画像解析ソフト CellProfilerについて簡単に紹介…

ターゲットバリデーションについて

こんにちは、@PKです. 創薬 Advent Calendar 2018の7日目の記事です. 今回は,「ターゲットバリデーション」という創薬プロセスについて,私がどのように考えているのかをご紹介したいと思います. 「ターゲットバリデーション」の意味を調べると以下のよう…

【KNIME】BioGRIDを使って,タンパク質相互作用の情報をまとめて取得する

こんにちは、@PKです. 創薬 Advent Calendar 2018の5日目の記事です. 複数の創薬のターゲット分子がどのような因子と相互作用しているか調査をしたいと思い,BioGRIDというデータベースを使って,タンパク質相互作用の情報をまとめて取得することをKNIMEを…