こんばんは，@PKです. 今日はCellProfilerの「MeasureTexture」というモジュールについて紹介したいと思います． はじめに MeasureTextureの設定 Measurement parameter 最後に はじめに これまで画像から特徴量を抽出する際は，「MeasureObjectIntensity」…

こんばんは，@PKです. 今日でこのブログは一周年だそうです． 引き続きKNIMEやCellProfilerについて紹介をしていきたいと思います． さて，これまでCellProfilerで紹介してきた画像解析は，以下のように，各染色画像が１枚ずつのデータを取り扱ってきました…

こんにちは，@PKです. 創薬スクリーニングで使用されるHCS(high content screening )では，様々な細胞内の特徴量を解析することができます． 【HCS】High Content ScreeningとCellProfilerについて - t_kahi’s blog その中でも細胞内の粒子（Speckles）を解…

こんばんは，@PKです. 以前，CellProfilerに関する記事を書いたときに，「MeasureObjectSizeShape」モジュールで取得できる特徴量について，細かく触れることができませんでした． t-kahi.hatenablog.com 今回は「MeasureObjectSizeShape」でどのような特徴…

こんばんは，@PKです. 以前，CellProfilerに関する記事を書いたときに，「MeasureObjectIntensity」モジュールで取得できる特徴量について，細かく触れることができませんでした． t-kahi.hatenablog.com 今回は「MeasureObjectIntensity」でどのような特徴…

こんにちは，@PKです. 前回の記事でCellProfilerのExample pipelineを紹介しました． t-kahi.hatenablog.com この記事では，CellProfilerを使って核染色，細胞質染色，PH3(リン酸化ヒストンH3)を染色した画像データから，以下のように「核」「細胞」「PH3」…

こんばんは，@PKです. CellProfilerのExample pipelineを使って画像解析を学ぶ第4回です． 前回はこちら． t-kahi.hatenablog.com 今回は，オブジェクト同士の関係性を設定するモジュールや，2次オブジェクトの設定の部分を中心に最後まで紹介していきます．…