2019-09-01から1ヶ月間の記事一覧
こんにちは,@PKです. 今回は本当に初心者のためのKNIMEインストール方法について紹介します. KNIME始めてみたいけど,インストールどうやるのだろう,という方向けの内容になっています. バージョン管理も考慮したインストール方法の詳しい解説は下記にも…
こんにちは,@PKです. 昨日のmishima.syk#14でKNIMEについて話をさせていただきました. connpass.com 私以外にはIT系の話題や,@bonohuによる「CWLに関する話」,@antiplasticsの「一細胞オミックスのための新GSEA手法」など非常に技術・サイエンスレベルが…
こんばんは,@PKです. ある遺伝子のリストに含まれる遺伝子をシグナルや機能ごとにクラスタリングをしたいと思い,調べていたところ,Dr.Bonoの本にMetascapeを使って遺伝子リストから機能の情報を取得する項目がありました. 今更なのですが,このDr.Bono本…
こんばんは,@PKです. これまでブログで紹介してきたように,KNIMEはGUIの画面上でプログラムを実行するものですが,作り込んだWorkflowを定期的に実行する場合に,毎回KNIMEを立ち上げてWorkflowを開いて実行するのは少しめんどくさいですよね. 今回はGUI…
I posted blog about calculation of Quadratic Entropy (QE) before. www.t-kahi.com Today, I will calculate and compare the diversity indices, Quadratic Entropy (QE), Shannon Entropy & Simpson index. these diversity indices were used to evalu…
High Content Analysis (HCA) is one of the powerful tools for the drug discovery. High-content screening (HCS), also known as high-content analysis (HCA) or cellomics, is a method that is used in biological research and drug discovery to id…