t_kahi’s blog

KNIMEやCellProfiler、創薬に関する記事と,日々のメモです

KNIME

【KNIME】日々のworkoutを記録・Tweetして筋トレのモチベーションを高める

こんにちは,@PKです. 初めに プリズナートレーニングとは workoutを記録するKNIME workflow workflow概要 workout registration workflow twitter post workflow workout visualization 終わりに 初めに みなさん筋トレ好きですか? 最近は在宅勤務だったの…

KNIME TVとKNIME HubでWorkflow作成と解析手法を学ぶ

こんにちは,@PKです. 動画コンテンツって、意外と時間を食うのでなかなか気持ちに余裕がないと見れない(見る気にならない)のですが、GWは気持ちに余裕があったので、YoutbeのKNIME TVの最近のWebinar動画を何本か見て、KNIME Hubで関連するworkflowをダウ…

【KNIME】KNIMEで多変量データの次元削減

こんにちは,@PKです. はじめに Seven Techniques for Data Dimensionality Reduction Missing Values Ratio Low Variance Filter High Correlation Filter Random Forests / Ensemble Trees Principal Component Analysis (PCA) Backward Feature Eliminati…

【KNIME】マルチチャンネル画像データの一部を切り抜いてタイル状に並べるWorkflow②

こんにちは,@PKです. 今日はマルチチャンネル画像データをタイル状に並べるWorkflow②を紹介します. はじめに Workflowの紹介 チャンネルごとにループ処理を行い,タイル画像を作成 チャンネルごとのタイル画像を1枚のマルチチャンネル画像に変換 最後に は…

【KNIME】マルチチャンネル画像データの一部を切り抜いてタイル状に並べるWorkflow①

こんにちは,@PKです. 今日はマルチチャンネル画像データをタイル状に並べるWorkflow①を紹介します. はじめに Workflowの概要 画像ファイルの読み込み ファイル名で画像データを並び替え 画像の特定部分を切り抜き 各チャンネルごとに分解 最後に はじめに …

【KNIME】化合物処理の時系列データから変化量を計算するKNIME Workflow

こんばんは,@PKです. 今回は化合物処理の時系列データから変化量を計算するKNIME Workflowについて紹介します. はじめに KNIME Workflowの概要 「Column Rename (Regex)」を使用してカラム名を変更 「Lag Column」で変化量を計算する 「Math Formula」で変…

初心者向けKNIME Analytics Platformのインストール方法

こんにちは,@PKです. 今回は本当に初心者のためのKNIMEインストール方法について紹介します. KNIME始めてみたいけど,インストールどうやるのだろう,という方向けの内容になっています. バージョン管理も考慮したインストール方法の詳しい解説は下記にも…

KNIME WorkflowをGUI画面を介さずにコマンドプロンプトで実行する!(Windows)

こんばんは,@PKです. これまでブログで紹介してきたように,KNIMEはGUIの画面上でプログラムを実行するものですが,作り込んだWorkflowを定期的に実行する場合に,毎回KNIMEを立ち上げてWorkflowを開いて実行するのは少しめんどくさいですよね. 今回はGUI…

【KNIME】KNIMEでクラスタリング(3):DBSCAN

こんばんは,@PKです. これまでk-meansや階層型クラスタリングなどのでクラスター分析について紹介しました. www.t-kahi.com www.t-kahi.com 今回はKNIMEでDBSCANクラスリングについて紹介します. DBSCANについて DBSCAN サンプルデータ作成 「DBSCAN」ノ…

【KNIME】KNIMEでクラスタリング(2):階層型クラスリング

こんばんは,@PKです. 前回KNIMEでクラスタリング(1)でk-meansでクラスター分析について紹介しました. www.t-kahi.com 今回はKNIMEでの階層型クラスリングについて紹介します. 階層型クラスタリングについて 階層型クラスタリング サンプルデータ作成 「Hi…

【KNIME】KNIMEでクラスタリング(1):k-meansでクラスター分析

こんばんは,@PKです. クラスター分析といえば,階層型クラスタリングやk-meansなどが有名かと思いますが,KNIMEでもクラスター分析に関するノードがいくつか用意されています. 今回はクラスター分析に関するKNIMEノード紹介と,k-meansでクラスター分析を…

【KNIME】〈後編〉Support Vector Machine (SVM) のKNIME Workflowについて:RとPythonノードの実行

こんばんは,@PKです. 前回の記事では,Support Vector Machine (SVM) のKNIME Workflowについて紹介しました. www.t-kahi.com 今回はSVMのKNIME WorkflowをRやPythonのノードを使って行うWorkflowを紹介します. KNIME Workflow概要 「R Learner/Predictor…

【KNIME】〈前編〉Support Vector Machine (SVM) のKNIME Workflowについて

こんばんは,@PKです. 以前の記事では,Random Forestについて3回に分けてご紹介し,機械学習の基礎的な手法(テストデータ・学習データの分類,交差検証,パラメーター最適化)をKNIME Workflowで紹介しました. 【KNIME】〈前編〉KNIMEでRandom Forest:「…

【KNIME】〈後編〉KNIMEでRandom Forest:Rのcaretパッケージを使ってRandom Forest

こんばんは,@PKです. これまでRandom ForestをKNIMEで行うためのノード紹介やパラメーターの最適化などを紹介してきました. www.t-kahi.com www.t-kahi.com 今回は〈後編〉ということで,これまで〈前編〉〈中編〉でKNIMEの専用ノードで行った処理を,Rのc…

【KNIME】〈中編〉KNIMEでRandom Forest:「Parameter Optimization」と「Cross Validation」の実行

こんばんは,@PKです. 前回の記事では〈前編〉KNIMEでRandom Forestということで,「Random Forest Learner/Predictor」を使って学習モデルの作成やテストデータの予測などを紹介しました. www.t-kahi.com しかし,実際にRandom Forestを行う際は,学習デー…

【KNIME】〈前編〉KNIMEでRandom Forest:「Random Forest」ノードを使ったWorkflowの紹介

こんばんは,@PKです. 以前,ブログで「Bootstrap」と「Decision Tree」についてそれぞれ紹介しました. www.t-kahi.com www.t-kahi.com このBootstrap SamplingとDecision Treeを組み合わせた機械学習の手法が「Random Forest」です. 今日は機械学習の手法…

【KNIME】データ解析の妥当性を検証する交差検証(Cross Validation)のKNIME Workflow

こんばんは,@PKです. 前回,決定木(Decision Tree)をKNIME Workflowで行う手法についてご紹介しました. www.t-kahi.com 今回は,前回ご紹介した決定木のWorkflowを使って,モデルの検証手法である,交差検証(Cross Validation)ノードの紹介をしたいと…

【KNIME】決定木 (decision tree) をKNIME Workflowで行う

こんばんは,@PKです. 前回の記事では線形判別分析(LDA)のKNIME Workflowをご紹介しました. www.t-kahi.com LDAは複数のクラスのデータを最も良く判別できるように線を引く,というイメージでした. 異なる判別分析の手法として決定木(decision tree)によ…

【KNIME】線形判別分析 (Linear Discriminant Analysis) をKNIME Workflowで行う

こんにちは,@PKです. 今日は判別分析の一種である線形判別分析(Linear Discriminant Analysis)のKNIME Workflowについて紹介したいと思います. 線形判別分析(Linear Discriminant Analysis) とは KNIME Workflowの概要 「Linear Discrimination Analysis」…

【KNIME】KNIMEでBootstrap:母集団の統計量(中央値)のばらつきを考える

こんばんは,@PKです. 先日KNIMEで使用できるサンプリングノードに関する紹介をしました. www.t-kahi.com 今日はこの中でも,「Bootstrap sampling」を利用したBootstrap法を使って,母集団の統計量(今回は中央値)のばらつきを出すKNIME Worklowを紹介し…

【KNIME】KNIME Workflowのサンプリングノードについて

こんばんは,@PKです. KNIME Workflowでデータのサンプリングをする方法をいくつか調べていたのですが,主に3つのサンプリング手法のノードが提供されているようです. それぞれのノードを使った詳細なWorkflowは別の機会で紹介したいので,今回はそれぞれの…

【KNIME】複数のデータからそれぞれ最小・最大値を含む行を除くKNIME Workflow

こんばんは,@PKです. 同僚から相談があり,複数のデータからそれぞれ最小・最大値を含む行を除きたい,と相談があって調べていました. イメージとしては以下の通りで,それぞれの条件のデータから"Cell Count"が最小値・最大値のデータを除いて出力する,…

【KNIME】〈後編〉QuickFormが便利!PubMed APIで論文の要旨を取得する

こんばんは,@PKです. QuickFormノードを使ってPubMed検索ワード入力を行い,PubMed APIで論文アブストラクトを取得するKNIME Workflowの紹介です. Workflowの概要とQuickformについては前編で紹介しております. QuickForm素敵なので,ご覧になっていない…

【KNIME】〈前編〉QuickFormが便利!PubMed APIで論文の要旨を取得する

こんばんは,@PKです. PubMed APIを使って論文の情報をKNIME上で取得する,という内容について以前ブログで紹介しました. 【KNIME】PubMedの検索結果(タイトル・出版年月日・アブストラクト等)をKNIMEを使ってまとめて取得する - t_kahi’s blog 今日は少し…

【KNIME】Kolmogorov–Smirnov検定(KS-test)をKNIME Workflowで行う

こんばんは,@PKです. 今日はKNIMEでKolmogorov–Smirnov検定(KS-test)を行うWorkflowを紹介したいと思います. Kolmogorov–Smirnov検定(KS-test)とは KNIMEworkflow概要 まとめ(とおまけ) Kolmogorov–Smirnov検定(KS-test)とは Kolmogorov–Smirnov検定とは…

【KNIME】Transpose rows to multiple columns by category

Hi, I'm @PK. I tried to transpose rows to multiple columns by category. The example below showed the transpose of sample data. To solve this issue , I made KNIME workflow below. First, I read sample data which contains two columns, "compou…

【KNIME】重回帰分析をKNIME Workflowで行う

こんにちは,@PKです. 前回は単回帰分析でしたので,今回は重回帰分析編です. www.t-kahi.com 散布図・回帰直線の作成,回帰分析結果を出力し,KNIMEで重回帰分析を行う際はどのノードを使うのが良いかを考えてみます. また,交互作用を考慮した重回帰分析…

【KNIME】単回帰分析をKNIME Workflowで行う:「R snippet」&「Liner Regression Learner」

こんにちは,@PKです. 今回はKNIMEで単回帰分析を行うWorkflowについて紹介します. 散布図・回帰直線の作成,回帰分析結果を出力し,どのノードを使うのが良いかを考えてみます. KNIME Worlkflowの概要 「R view」で散布図と回帰直線の作成 単回帰分析の回…

【KNIME】全てのカラムの数値データをループで処理する

こんばんは,@PKです. 今回は,数値データを含む全てのカラムをループで処理するKNIME Workflowについて紹介します. はじめに Workflowの概要 サンプルデータ取得⇒前処理 ループ処理について まとめ はじめに 以前にKNIME Workflowによる実験データの数値処…

【KNIME】実験デザインに応じてKNIME Workflowのループ処理を使い分ける

こんにちは,@PKです. 今回は,実験デザインに応じてKNIMEのループ処理を使い分けることについて紹介したいと思います. 以前,KNIMEで実験データの解析をすることについて紹介をしました. www.t-kahi.com ここでは,データ読み込み時の注意点や,数値デー…