t_kahi’s blog

KNIMEやCellProfiler、創薬に関する記事と,日々のメモです

KNIME

【KNIME】【HCS】Parameter Mutual Informationノード:情報が重複した特徴量を見つける

こんにちは,@PKです. 前回,CellProfilerの画像解析結果を,KNIMEで読み込み,Z-scoreの算出⇒可視化,というワークフローを紹介しました. t-kahi.hatenablog.com その際に,複数の特徴量をheatmapを使って可視化する処理について紹介しましたが,この特徴…

【KNIME】CellProfilerの画像解析データからZ-Scoreを算出して可視化する②

こんばんは,@PKです. 前回の記事で,HCSの画像データをCellProfilerで解析⇒Z-Scoreを可視化するという取り組み①を紹介しました. t-kahi.hatenablog.com 今回は,以下ワークフロー②の部分(interactive Heatmapを使った可視化と選んだデータの画像を表示)…

【KNIME】CellProfilerの画像解析データからZ-Scoreを算出して可視化する①

こんにちは,@PKです. 以前に,CellProfilerを使って薬理活性化合物を処理した細胞染色画像の解析について紹介しました. t-kahi.hatenablog.com t-kahi.hatenablog.com 384well plate1枚分の画像を解析しただけですが,384well x 9field = 3456行のデータ…

【CellProfiler】薬理活性化合物を処理した細胞染色画像から特徴量を抽出する①

こんにちは,@PKです. mishima.syk13で,CellProfilerで画像解析をしたデータをKNIMEを使って可視化する,という取り組みについて発表する機会をいただけました. 拙い内容でしたが皆さんから意見や感想をいただくことができて本当に勉強になった一日を過ご…

【KNIME】化合物情報を基にChEMBLから作用メカニズム情報を取得する

こんばんは,@PKです. 以前,細胞染色の画像データとメタデータ(処理した化合物名,Well番号,プレート番号)を, CellProfilerの「Metadata」モジュールで紐付ける操作の紹介をしました. t-kahi.hatenablog.com このメタデータには,薬理活性化合物の名前…

【CellProfiler】Metadataモジュールを使って,画像とアッセイ情報を紐付ける

こんばんは,@PKです. 今日でこのブログは一周年だそうです. 引き続きKNIMEやCellProfilerについて紹介をしていきたいと思います. さて,これまでCellProfilerで紹介してきた画像解析は,以下のように,各染色画像が1枚ずつのデータを取り扱ってきました…

【KNIME】CellProfilerの画像解析結果を可視化する

こんにちは,@PKです. 前回の記事でCellProfilerのExample pipelineを紹介しました. t-kahi.hatenablog.com この記事では,CellProfilerを使って核染色,細胞質染色,PH3(リン酸化ヒストンH3)を染色した画像データから,以下のように「核」「細胞」「PH3」…

【KNIME】BioGRIDを使って,タンパク質相互作用の情報をまとめて取得する

こんにちは、@PKです. 創薬 Advent Calendar 2018の5日目の記事です. 複数の創薬のターゲット分子がどのような因子と相互作用しているか調査をしたいと思い,BioGRIDというデータベースを使って,タンパク質相互作用の情報をまとめて取得することをKNIMEを…

【KNIME】複数のExcelファイルをループを使って読み込み⇒加工⇒出力を行う

KNIMEを使っていて,苦手と感じてどうしてもうまく使うことができなかったLoopとVariableをようやく使うようになったので(今更ですね…),メモもかねて,自分がよく使う処理をまとめておきます. t-kahi.hatenablog.com 上記リンクのような実験を複数行う場合…

【KNIME】複数行の内容をまとめてカラム名へ変更する

アッセイデータをKNIMEで編集するとき,複数行のデータを一つにまとめてカラムの名前に変更したいと思ったのですが,すんなりできなかったので,メモ代わりにまとめておきます. やりたいことは以下のような処理です. 数値データの解析がしたいので,文字列…

【後半】KNIMEを使ってプレートのアッセイデータを解析する(heatmap, IC50の算出)

「KNIMEを使ってプレートのアッセイデータを解析する」という内容の後半部分について説明をしたいと思います. 解析といっても,今回は得られたデータをヒートマップで表示するということと,化合物の阻害活性IC50値を算出するということをKNIME上で行います…

【前半】KNIMEを使ってプレートのアッセイデータを解析する(プレートデータの読み込みとアッセイデータとの結合)

約3か月ぶりの投稿になってしまいましたが,久々にKNIMEに関する記事を書いています. 今日は,96プレート,384プレートなどを使って,酵素アッセイや細胞評価アッセイを行った結果から,シグモイドのフィッティングやIC50値の算出を行う,ということをKNIM…

【KNIME】KNIMEを使用し,薬理活性化合物の構造データからChEMBLを通じて標的候補分子情報を取得する

先日行われたMishima.syk #12の勉強会で,KNIMEを使って外部DBからデータを取得するということをお話しさせていただく機会をいただきました. Mishima.syk #12 - connpass 皆さんからいろんなアドバイスをいただくことができて非常に良い機会でしたので,引…

【KNIME】PubMedの検索結果(タイトル・出版年月日・アブストラクト等)をKNIMEを使ってまとめて取得する

PubMedで検索した結果(タイトル・出版年月日・アブストラクト等)を複数取得したいと思い,KNIMEを使用してまとめてみました. 下記ブログでpythonなどを使って論文情報を取得していることを,今回はKNIMEを使って行いました. PubMed APIの書き方などは以下…

【KNIME】MouseMineからマウスの表現型をとってきて,KNIMEを使ってまとめてみた

前回,MGIのサイトから表現型の全データをダウンロードしてきて,KNIMEを使ってまとめてみました. http://t-kahi.hatenablog.com/entry/2018/05/01/003455 全データを取得することができるのですが,ある特定の表現型のデータだけで十分という場合は多いと…