KNIME
こんにちは，@PKです. 今回は，実験デザインに応じてKNIMEのループ処理を使い分けることについて紹介したいと思います． 以前，KNIMEで実験データの解析をすることについて紹介をしました． www.t-kahi.com ここでは，データ読み込み時の注意点や，数値デー…
こんにちは，@PKです. 一元配置分散分析（One-way ANOVA）は１つの要因によって影響を受ける3群間以上の平均の差を検定する統計的手法です． 一元配置分散分析 - Wikipedia One-way ANOVAで有意差有り⇒多重検定という流れで使用されます． このOne-way ANOVA…
こんにちは，@PKです. KNIMEには様々な可視化用のノードがあることを紹介してきました． www.t-kahi.com 特にJava scriptで構築されているinteractive nodeは，デフォルトのノードと比べても非常に便利で，可視化したデータを選択して次のノードに流せるのは…
こんばんは，@PKです. バイオ実験者にとってはt検定やカイ二乗検定は馴染みがあると思いますが，KNIMEでも統計に関する様々なノードを使って簡単な統計解析を実施することができます． 例えば実験結果のワークフローを作って実験結果の解析をするときに，こ…
こんばんは，@PKです. 今日はKNIMEの主成分分析(Principal Component Analysis : PCA)のノードを使って，主成分スコアや固有ベクトル，累積寄与率を算出してみます． 以前からKNIMEのPCAノードを使用していたのですが，累積寄与率などが直接出てこないので，…
こんばんは，@PKです. 前回のブログではKNIME Workflowによる実験データ処理について，「データの読み込み」部分のお話をしました． www.t-kahi.com データを読み込むためには，実験デザインの時から意識してデータを加工しやすい表記にしておくことを紹介し…
こんばんは，@PKです. 今日はKNIMEを用いた実験データ処理について，紹介したいと思います． はじめに KNIME workflowの概要 データ読み込みについて 最後に はじめに 実はこれまで，自身もKNIMEを使ってデータ解析をすることは多くはありませんでした． ス…
こんばんは，@PKです. 先日，複数のターゲット遺伝子に関連する構造情報をまとめて取得できないか，と同僚から相談されたので，KNIMEを使って遺伝子名からPDB IDを取得するKNIME Workflowを作成してみました． このWorkflowでは，構造情報が欲しいヒト遺伝子…
こんにちは，@PKです. 今日はTukeyの多重検定をKNIMEの「R node」で処理・可視化するワークフローを紹介したいと思います． はじめに KNIME R-Project nodesのインストール KNIME上でRを動かすときの注意点 KNIME Workflowの紹介 終わりに はじめに 以前，用…
こんばんは，@PKです. 以前，KNIMEのループについて紹介しました． t-kahi.hatenablog.com 最近，KNIMEを使って実験データの解析を自動化できるワークフローを作成しています． 出力されたデータをポチポチとEXCELに打ち込んで解析するのではなく，自動的に…
こんばんは，@PKです. 今回はハイコンテントアナリシスで撮影した画像に含まれているノイズやぼやけた画像を検出する手法について紹介したいと思います． はじめに CellProfilerの「MeasureImageQuality」モジュールについて KNIMEを使ってぼやけた画像をデ…
こんにちは，@PKです. 前回，CellProfilerの画像解析結果を，KNIMEで読み込み，Z-scoreの算出⇒可視化，というワークフローを紹介しました． t-kahi.hatenablog.com その際に，複数の特徴量をheatmapを使って可視化する処理について紹介しましたが，この特徴…
こんばんは，@PKです. 前回の記事で，HCSの画像データをCellProfilerで解析⇒Z-Scoreを可視化するという取り組み①を紹介しました． t-kahi.hatenablog.com 今回は，以下ワークフロー②の部分（interactive Heatmapを使った可視化と選んだデータの画像を表示）…
こんにちは，@PKです. 以前に，CellProfilerを使って薬理活性化合物を処理した細胞染色画像の解析について紹介しました． t-kahi.hatenablog.com t-kahi.hatenablog.com 384well plate１枚分の画像を解析しただけですが，384well x 9field = 3456行のデータ…
こんにちは，@PKです. mishima.syk13で，CellProfilerで画像解析をしたデータをKNIMEを使って可視化する，という取り組みについて発表する機会をいただけました． 拙い内容でしたが皆さんから意見や感想をいただくことができて本当に勉強になった一日を過ご…
こんばんは，@PKです. 以前，細胞染色の画像データとメタデータ（処理した化合物名，Well番号，プレート番号）を， CellProfilerの「Metadata」モジュールで紐付ける操作の紹介をしました． t-kahi.hatenablog.com このメタデータには，薬理活性化合物の名前…
こんばんは，@PKです. 今日でこのブログは一周年だそうです． 引き続きKNIMEやCellProfilerについて紹介をしていきたいと思います． さて，これまでCellProfilerで紹介してきた画像解析は，以下のように，各染色画像が１枚ずつのデータを取り扱ってきました…
こんにちは，@PKです. 前回の記事でCellProfilerのExample pipelineを紹介しました． t-kahi.hatenablog.com この記事では，CellProfilerを使って核染色，細胞質染色，PH3(リン酸化ヒストンH3)を染色した画像データから，以下のように「核」「細胞」「PH3」…
こんにちは、@PKです. 創薬 Advent Calendar 2018の5日目の記事です． 複数の創薬のターゲット分子がどのような因子と相互作用しているか調査をしたいと思い，BioGRIDというデータベースを使って，タンパク質相互作用の情報をまとめて取得することをKNIMEを…
KNIMEを使っていて，苦手と感じてどうしてもうまく使うことができなかったLoopとVariableをようやく使うようになったので(今更ですね…)，メモもかねて，自分がよく使う処理をまとめておきます． t-kahi.hatenablog.com 上記リンクのような実験を複数行う場合…
アッセイデータをKNIMEで編集するとき，複数行のデータを一つにまとめてカラムの名前に変更したいと思ったのですが，すんなりできなかったので，メモ代わりにまとめておきます． やりたいことは以下のような処理です． 数値データの解析がしたいので，文字列…
「KNIMEを使ってプレートのアッセイデータを解析する」という内容の後半部分について説明をしたいと思います． 解析といっても，今回は得られたデータをヒートマップで表示するということと，化合物の阻害活性IC50値を算出するということをKNIME上で行います…
約３か月ぶりの投稿になってしまいましたが，久々にKNIMEに関する記事を書いています． 今日は，96プレート，384プレートなどを使って，酵素アッセイや細胞評価アッセイを行った結果から，シグモイドのフィッティングやIC50値の算出を行う，ということをKNIM…
先日行われたMishima.syk #12の勉強会で，KNIMEを使って外部DBからデータを取得するということをお話しさせていただく機会をいただきました． Mishima.syk #12 - connpass 皆さんからいろんなアドバイスをいただくことができて非常に良い機会でしたので，引…
PubMedで検索した結果(タイトル・出版年月日・アブストラクト等)を複数取得したいと思い，KNIMEを使用してまとめてみました． 下記ブログでpythonなどを使って論文情報を取得していることを，今回はKNIMEを使って行いました． PubMed APIの書き方などは以下…
前回，MGIのサイトから表現型の全データをダウンロードしてきて，KNIMEを使ってまとめてみました． http://t-kahi.hatenablog.com/entry/2018/05/01/003455 全データを取得することができるのですが，ある特定の表現型のデータだけで十分という場合は多いと…
