t_kahi’s blog

KNIMEやCellProfiler、創薬に関する記事と,日々のメモです

【KNIME, CellProfiler...】t_kahi's blog 記事まとめ

記事が増えてきて自身で探すのが難しくなってきたのでKNIMEとCellProfilerを中心に記事まとめを作成しました. 今後はこちらにもアップデートしていきます. KNIME KNIMEのインストール方法について KNIMEとデータ分析 KNIMEとデータ処理 KNIMEとデータベー…

Mishima.syk #16に参加しました

こんばんは,@PKです. Mishima.syk#16に参加しました. connpass.com オンラインは初でしたが楽しく発表・議論することができました.ありがとうございました. speakerdeck.com 発表のスライドはspeakerdeckに上げました. 最初はSlideShareにあげようと思…

「クリティカルチェーン」を読みました

こんにちは,@PKです. クリティカルパスについて知りたかったのと、「なぜ、プロジェクトは予定どおり進まないのか?」というキャッチコピーが良かったのでクリティカルチェーンという本を読みました(今週は締め切りの資料が無くて、心に余裕があった). …

【KNIME】KNIME Analytics Platform 4.2にバージョンアップした

こんばんは,@PKです. 仕事に忙殺されていたら結構前に新しいバージョンのKNIME 4.2が出ていました... 「バージョンがァ!!バージョンが変わっている!!」 と思い慌ててインストール. これまでのバージョンアップだと、「File -> Update KNIME 」からでき…

Pfizer社のPhase II success rateに関する総説を読んで

こんばんは,@PKです. Drug Discovery TodayでPfizer社のPhase II成功確率が向上した理由について考察したreviewがopen accessで公開されていました. www.sciencedirect.com このreviewではPfizer社がPhase IIの成功確率を2010-2020で19%から53%まで向上さ…

【KNIME】日々のworkoutを記録・Tweetして筋トレのモチベーションを高める

こんにちは,@PKです. 初めに プリズナートレーニングとは workoutを記録するKNIME workflow workflow概要 workout registration workflow twitter post workflow workout visualization 終わりに 初めに みなさん筋トレ好きですか? 最近は在宅勤務だったの…

KNIME TVとKNIME HubでWorkflow作成と解析手法を学ぶ

こんにちは,@PKです. 動画コンテンツって、意外と時間を食うのでなかなか気持ちに余裕がないと見れない(見る気にならない)のですが、GWは気持ちに余裕があったので、YoutbeのKNIME TVの最近のWebinar動画を何本か見て、KNIME Hubで関連するworkflowをダウ…

「数でとらえる細胞生物学」で、細胞を”感覚的”に理解する

こんにちは,@PKです. 最近、雑務や実験が増えてきて忙しさのピークでしたが、在宅勤務になり自宅で論文を読んだり、考える時間が増えました. 考えることは重要とはいえ、実験しないとデータが出てこないので、なかなか難しいですね. さて、少し前に話題に…

【KNIME】KNIMEで多変量データの次元削減

こんにちは,@PKです. はじめに Seven Techniques for Data Dimensionality Reduction Missing Values Ratio Low Variance Filter High Correlation Filter Random Forests / Ensemble Trees Principal Component Analysis (PCA) Backward Feature Eliminati…

初Macを買って色々(KNIME, CellProfiler, Python, R)と設定をした備忘録

こんにちは,@PKです. きた( ´∀`) pic.twitter.com/lP2HPgzQGW— PK (@t_kahi) 2020年2月22日 以前から欲しかったiMACを手に入れることができました. これでようやく手元の書籍を見ながら解析の勉強ができる…! 今回は、iMacで色々(KNIME, CellProfiler, P…

【CellProfiler】CorrectIlluminationモジュールで画像データの照度補正を行う

こんにちは,@PKです. 今日は,CellProfilerのCorrectIlluminationモジュールで画像データの照度補正について紹介します. はじめに illumination functionの作成方法 CorrectIlluminationモジュールの紹介 「CorrectIlluminationCalculate」の設定画面 「Co…

【KNIME】マルチチャンネル画像データの一部を切り抜いてタイル状に並べるWorkflow②

こんにちは,@PKです. 今日はマルチチャンネル画像データをタイル状に並べるWorkflow②を紹介します. はじめに Workflowの紹介 チャンネルごとにループ処理を行い,タイル画像を作成 チャンネルごとのタイル画像を1枚のマルチチャンネル画像に変換 最後に は…