t_kahi’s blog

KNIMEやCellProfiler、創薬に関する記事と,日々のメモです

【KNIME, CellProfiler...】t_kahi's blog 記事まとめ

記事が増えてきて自身で探すのが難しくなってきたのでKNIMEとCellProfilerを中心に記事まとめを作成しました. 今後はこちらにもアップデートしていきます. KNIME KNIMEのインストール方法について KNIMEとデータ分析 KNIMEとデータ処理 KNIMEとデータベー…

DeepLabCutを少し試した

こんばんは,@PKです. 先日、行動薬理試験を効率化したいという話になったので、その辺りの効率化ができそうなOSSを調べていて、DeepLabCutというのが良いらしいので少し試してみました. DeepLabCut — The Mathis Lab of Adaptive Motor Control このソフト…

薬理学やassay系構築の基礎を学べる本・文献

こんばんは,@PKです. そろそろ新人が入ってくる時期になりましたが、最近色々と勉強し直していて、良いなと思う本・文献がありましたので、ここで紹介しておきます. 自分がそうだったのですが、以下のようなイメージの方にはとても参考になると思います. …

GOT-IT frameworkを用いた創薬標的バリデーションのススメ

こちらは創薬Advent Calender1日目の記事です! 今回は GOT-IT frameworkを用いた創薬標的のバリデーションについて紹介したいと思います. はじめに GOT-IT frameworkについて AB1とAB2について AB4とAB5について クリティカルパスの重要性 はじめに これま…

Mishima.syk #16に参加しました

こんばんは,@PKです. Mishima.syk#16に参加しました. connpass.com オンラインは初でしたが楽しく発表・議論することができました.ありがとうございました. speakerdeck.com 発表のスライドはspeakerdeckに上げました. 最初はSlideShareにあげようと思…

「クリティカルチェーン」を読みました

こんにちは,@PKです. クリティカルパスについて知りたかったのと、「なぜ、プロジェクトは予定どおり進まないのか?」というキャッチコピーが良かったのでクリティカルチェーンという本を読みました(今週は締め切りの資料が無くて、心に余裕があった). …

【KNIME】KNIME Analytics Platform 4.2にバージョンアップした

こんばんは,@PKです. 仕事に忙殺されていたら結構前に新しいバージョンのKNIME 4.2が出ていました... 「バージョンがァ!!バージョンが変わっている!!」 と思い慌ててインストール. これまでのバージョンアップだと、「File -> Update KNIME 」からでき…

Pfizer社のPhase II success rateに関する総説を読んで

こんばんは,@PKです. Drug Discovery TodayでPfizer社のPhase II成功確率が向上した理由について考察したreviewがopen accessで公開されていました. www.sciencedirect.com このreviewではPfizer社がPhase IIの成功確率を2010-2020で19%から53%まで向上さ…

【KNIME】日々のworkoutを記録・Tweetして筋トレのモチベーションを高める

こんにちは,@PKです. 初めに プリズナートレーニングとは workoutを記録するKNIME workflow workflow概要 workout registration workflow twitter post workflow workout visualization 終わりに 初めに みなさん筋トレ好きですか? 最近は在宅勤務だったの…

KNIME TVとKNIME HubでWorkflow作成と解析手法を学ぶ

こんにちは,@PKです. 動画コンテンツって、意外と時間を食うのでなかなか気持ちに余裕がないと見れない(見る気にならない)のですが、GWは気持ちに余裕があったので、YoutbeのKNIME TVの最近のWebinar動画を何本か見て、KNIME Hubで関連するworkflowをダウ…

「数でとらえる細胞生物学」で、細胞を”感覚的”に理解する

こんにちは,@PKです. 最近、雑務や実験が増えてきて忙しさのピークでしたが、在宅勤務になり自宅で論文を読んだり、考える時間が増えました. 考えることは重要とはいえ、実験しないとデータが出てこないので、なかなか難しいですね. さて、少し前に話題に…

【KNIME】KNIMEで多変量データの次元削減

こんにちは,@PKです. はじめに Seven Techniques for Data Dimensionality Reduction Missing Values Ratio Low Variance Filter High Correlation Filter Random Forests / Ensemble Trees Principal Component Analysis (PCA) Backward Feature Eliminati…