t_kahi’s blog

KNIMEやCellProfiler、創薬に関する記事と,日々のメモです

【KNIME, CellProfiler...】t_kahi's blog 記事まとめ

記事が増えてきて自身で探すのが難しくなってきたのでKNIMEとCellProfilerを中心に記事まとめを作成しました. 今後はこちらにもアップデートしていきます. KNIME KNIMEのインストール方法について KNIMEとデータ分析 KNIMEとデータ処理 KNIMEとデータベー…

【CellProfiler】CorrectIlluminationモジュールで画像データの照度補正を行う

こんにちは,@PKです. 今日は,CellProfilerのCorrectIlluminationモジュールで画像データの照度補正について紹介します. はじめに illumination functionの作成方法 CorrectIlluminationモジュールの紹介 「CorrectIlluminationCalculate」の設定画面 「Co…

【KNIME】マルチチャンネル画像データの一部を切り抜いてタイル状に並べるWorkflow②

こんにちは,@PKです. 今日はマルチチャンネル画像データをタイル状に並べるWorkflow②を紹介します. はじめに Workflowの紹介 チャンネルごとにループ処理を行い,タイル画像を作成 チャンネルごとのタイル画像を1枚のマルチチャンネル画像に変換 最後に は…

【KNIME】マルチチャンネル画像データの一部を切り抜いてタイル状に並べるWorkflow①

こんにちは,@PKです. 今日はマルチチャンネル画像データをタイル状に並べるWorkflow①を紹介します. はじめに Workflowの概要 画像ファイルの読み込み ファイル名で画像データを並び替え 画像の特定部分を切り抜き 各チャンネルごとに分解 最後に はじめに …

Open Targetsについて:最近の変更点と個人的に気をつけていること

こんにちは,@PKです. 今日はOpen Targetsについて,気になった最近の変更点や,使う際に自身が気をつけていることについて紹介します. はじめに 変更点について 疾患がより細かく分類されていた 「Pharmacovigilance」:医薬品の副作用情報の追加 標的分子…

非臨床段階における低分子創薬の流れについて(基礎)

こんばんは,@PKです. はじめに Target validation Hit discovery process Assay development Defining a hit series Hit-to-lead & Lead optimization phase 最後に reference はじめに 今回のブログでは,「Principles of early drug discovery」という文…

Target-focused phenotypic screeningについて

こんにちは,@PKです. こちらは,創薬アドベントカレンダー(Wet)21日目の記事です. 創薬 (wet) Advent Calendar 2019 - Adventar この記事では,「Target-focused phenotype screening」について,紹介します. Target-based screening & Phenotypic scre…

"Right Target"とは何か;AstraZenecaの5R frameworkから考えるターゲットバリデーション

こんにちは,@PKです. こちらは,創薬アドベントカレンダー(Wet)4日目の記事です. 創薬 (wet) Advent Calendar 2019 - Adventar 創薬アドベントカレンダー1~3日目ではCellProfilerの使い方を紹介しましたが,(創薬Wet記事というよりはCellProfilerの使い…

【CellProfiler】Example pipeline(Fruit fly cells)で画像解析の基礎を学ぶ③:共局在と特徴量の数値計算について

こんにちは,@PKです. こちらは,創薬アドベントカレンダー(Wet)3日目の記事です. 創薬 (wet) Advent Calendar 2019 - Adventar 1日目と2日目の記事は下記になります. 【CellProfiler】Example pipeline(Fruit fly cells)で画像解析の基礎を学ぶ①:画…

【CellProfiler】Example pipeline(Fruit fly cells)で画像解析の基礎を学ぶ②:Neighborhoodに関する特徴量

こんにちは,@PKです. こちらは,創薬アドベントカレンダー(Wet)2日目の記事です. 創薬 (wet) Advent Calendar 2019 - Adventar 1日目にはExample pipeline(Fruit fly cells)で画像解析の基礎を学ぶ①で使用する「Fruit fly cells Pipeline」の概要と,…

【CellProfiler】Example pipeline(Fruit fly cells)で画像解析の基礎を学ぶ①:画像のトリミング

こんばんは,@PKです. 創薬アドベントカレンダー(Wet)1日目の記事です. 創薬 (wet) Advent Calendar 2019 - Adventar 今回は,High Content Analysisの画像解析ツールCellProfilerの使い方について,簡単ではありますが紹介したいと思います. 以前ブログ…

Markdown形式で書くことができる情報整理ツールの紹介(MDwiki, Blog, HackMD)

こんにちは,@PKです. 本日は,Markdown形式で書くことができる情報整理のツールについて紹介します. Mardownと情報収集 Markdownで書けるツール MDwiki Blog (Markdown) HackMD 終わりに Mardownと情報収集 Markdown(マークダウン)は、文書を記述するた…