t_kahi’s blog

KNIMEやCellProfiler、創薬に関する記事と,日々のメモです

【KNIME, CellProfiler...】t_kahi's blog 記事まとめ

記事が増えてきて自身で探すのが難しくなってきたのでKNIMEとCellProfilerを中心に記事まとめを作成しました. 今後はこちらにもアップデートしていきます. KNIME KNIMEとデータ分析 KNIMEとデータ処理 KNIMEとデータベース KNIMEその他 CellProfiler KNIME…

KNIME WorkflowをGUI画面を介さずにコマンドプロンプトで実行する!(Windows)

こんばんは,@PKです. これまでブログで紹介してきたように,KNIMEはGUIの画面上でプログラムを実行するものですが,作り込んだWorkflowを定期的に実行する場合に,毎回KNIMEを立ち上げてWorkflowを開いて実行するのは少しめんどくさいですよね. 今回はGUI…

Comparison of diversity index (Quadratic entropy, Shannon entropy & Simpson index)

R

I posted blog about calculation of Quadratic Entropy (QE) before. www.t-kahi.com Today, I will calculate and compare the diversity indices, Quadratic Entropy (QE), Shannon Entropy & Simpson index. these diversity indices were used to evalu…

Calculate Rao's Quadratic Entropy (QE) to evaluate cell-cell heterogeneity for HCA

R

High Content Analysis (HCA) is one of the powerful tools for the drug discovery. High-content screening (HCS), also known as high-content analysis (HCA) or cellomics, is a method that is used in biological research and drug discovery to id…

【KNIME】KNIMEでクラスタリング(3):DBSCAN

こんばんは,@PKです. これまでk-meansや階層型クラスタリングなどのでクラスター分析について紹介しました. www.t-kahi.com www.t-kahi.com 今回はKNIMEでDBSCANクラスリングについて紹介します. DBSCANについて DBSCAN サンプルデータ作成 「DBSCAN」ノ…

【KNIME】KNIMEでクラスタリング(2):階層型クラスリング

こんばんは,@PKです. 前回KNIMEでクラスタリング(1)でk-meansでクラスター分析について紹介しました. www.t-kahi.com 今回はKNIMEでの階層型クラスリングについて紹介します. 階層型クラスタリングについて 階層型クラスタリング サンプルデータ作成 「Hi…

【CellProfiler】メタデータを扱う際にUTF-8のBOMでエラーが起きた

CellProfilerで解析をしているときに文字コードエラーで少し悩んだのでメモしておきます. CellProfilerで画像ファイルとメタデータ(画像ファイルとWell配置,処理条件などが記載されたファイル)を”Metadata”モジュールで紐つけて,実行したところ下記エラ…

【KNIME】KNIMEでクラスタリング(1):k-meansでクラスター分析

こんばんは,@PKです. クラスター分析といえば,階層型クラスタリングやk-meansなどが有名かと思いますが,KNIMEでもクラスター分析に関するノードがいくつか用意されています. 今回はクラスター分析に関するKNIMEノード紹介と,k-meansでクラスター分析を…

【CellProfiler】Transfluor Assayの画像データをCellProfilerで解析する

こんばんは,@PKです. 今回はTransfluor Assayの画像データセットを解析するCellProfilerのPipelineを紹介します. CellProfilerは,HCAの画像解析を行うフリーソフトウェアです. CellProfiler | Free open-source software for measuring and analyzing ce…

【CellProfiler】MeasureTextureの測定で出力される「Scale」について

以前CellProfilerのテクスチャ測定に関するモジュールについて紹介しました. www.t-kahi.com 「MeasureTexture」は質感が異なるようなオブジェクトを認識することができます. Measurement — CellProfiler 3.0.0 documentation このテクスチャーモジュール…

【KNIME】〈後編〉Support Vector Machine (SVM) のKNIME Workflowについて:RとPythonノードの実行

こんばんは,@PKです. 前回の記事では,Support Vector Machine (SVM) のKNIME Workflowについて紹介しました. www.t-kahi.com 今回はSVMのKNIME WorkflowをRやPythonのノードを使って行うWorkflowを紹介します. KNIME Workflow概要 「R Learner/Predictor…

【KNIME】〈前編〉Support Vector Machine (SVM) のKNIME Workflowについて

こんばんは,@PKです. 以前の記事では,Random Forestについて3回に分けてご紹介し,機械学習の基礎的な手法(テストデータ・学習データの分類,交差検証,パラメーター最適化)をKNIME Workflowで紹介しました. 【KNIME】〈前編〉KNIMEでRandom Forest:「…