t_kahi’s blog

KNIMEやCellProfiler、創薬に関する記事と,日々のメモです

【KNIME, CellProfiler...】t_kahi's blog 記事まとめ

記事が増えてきて自身で探すのが難しくなってきたのでKNIMEとCellProfilerを中心に記事まとめを作成しました. 今後はこちらにもアップデートしていきます. KNIME KNIMEとデータ分析 KNIMEとデータ処理 KNIMEとデータベース KNIMEその他 CellProfiler KNIME…

【CellProfiler】メタデータを扱う際にUTF-8のBOMでエラーが起きた

CellProfilerで解析をしているときに文字コードエラーで少し悩んだのでメモしておきます. CellProfilerで画像ファイルとメタデータ(画像ファイルとWell配置,処理条件などが記載されたファイル)を”Metadata”モジュールで紐つけて,実行したところ下記エラ…

【KNIME】KNIMEでクラスタリング(1):k-meansでクラスター分析

こんばんは,@PKです. クラスター分析といえば,階層型クラスタリングやk-meansなどが有名かと思いますが,KNIMEでもクラスター分析に関するノードがいくつか用意されています. 今回はクラスター分析に関するKNIMEノード紹介と,k-meansでクラスター分析を…

【CellProfiler】Transfluor Assayの画像データをCellProfilerで解析する

こんばんは,@PKです. 今回はTransfluor Assayの画像データセットを解析するCellProfilerのPipelineを紹介します. CellProfilerは,HCAの画像解析を行うフリーソフトウェアです. CellProfiler | Free open-source software for measuring and analyzing ce…

【CellProfiler】MeasureTextureの測定で出力される「Scale」について

以前CellProfilerのテクスチャ測定に関するモジュールについて紹介しました. www.t-kahi.com 「MeasureTexture」は質感が異なるようなオブジェクトを認識することができます. Measurement — CellProfiler 3.0.0 documentation このテクスチャーモジュール…

【KNIME】〈後編〉Support Vector Machine (SVM) のKNIME Workflowについて:RとPythonノードの実行

こんばんは,@PKです. 前回の記事では,Support Vector Machine (SVM) のKNIME Workflowについて紹介しました. www.t-kahi.com 今回はSVMのKNIME WorkflowをRやPythonのノードを使って行うWorkflowを紹介します. KNIME Workflow概要 「R Learner/Predictor…

【KNIME】〈前編〉Support Vector Machine (SVM) のKNIME Workflowについて

こんばんは,@PKです. 以前の記事では,Random Forestについて3回に分けてご紹介し,機械学習の基礎的な手法(テストデータ・学習データの分類,交差検証,パラメーター最適化)をKNIME Workflowで紹介しました. 【KNIME】〈前編〉KNIMEでRandom Forest:「…

Europe PMCを利用してbioRxivのkeyword-based RSS Feedを作成する

こんにちは,@PKです. bioRxivなどpreprint serverの文献は,生命科学分野でも増加しています. このようなpreprintはPubMed検索では引っかからないので,どのように情報を収集するかを考えていました. 今回はEurope PMCを利用してkeyword-based RSS Feedを…

「ウェブ進化論 本当の大変化はこれから始まる 」を読みました

こんばんは,@PKです. 解析待ちながらTwitterを見ていたら,@kzfmさんのブログが上がっていました. blog.kzfmix.com 梅田望夫さんの「ウェブ進化論」という名著かつ古典があります。既に13年以上も前に出版された本ですが未読であれば読んでおくことをおす…

【KNIME】〈後編〉KNIMEでRandom Forest:Rのcaretパッケージを使ってRandom Forest

こんばんは,@PKです. これまでRandom ForestをKNIMEで行うためのノード紹介やパラメーターの最適化などを紹介してきました. www.t-kahi.com www.t-kahi.com 今回は〈後編〉ということで,これまで〈前編〉〈中編〉でKNIMEの専用ノードで行った処理を,Rのc…

【KNIME】〈中編〉KNIMEでRandom Forest:「Parameter Optimization」と「Cross Validation」の実行

こんばんは,@PKです. 前回の記事では〈前編〉KNIMEでRandom Forestということで,「Random Forest Learner/Predictor」を使って学習モデルの作成やテストデータの予測などを紹介しました. www.t-kahi.com しかし,実際にRandom Forestを行う際は,学習デー…

【KNIME】〈前編〉KNIMEでRandom Forest:「Random Forest」ノードを使ったWorkflowの紹介

こんばんは,@PKです. 以前,ブログで「Bootstrap」と「Decision Tree」についてそれぞれ紹介しました. www.t-kahi.com www.t-kahi.com このBootstrap SamplingとDecision Treeを組み合わせた機械学習の手法が「Random Forest」です. 今日は機械学習の手法…