t_kahi’s blog

KNIMEやCellProfiler、創薬に関する記事と,日々のメモです

【KNIME】列の平均値や最小・最大値の計算は「Math Formula」を使う、で良い

こんばんは、@PKです.

KNIMEで、この計算を簡単にできないのかなぁと思うことがあり、KNIME Forumでやりとりした内容のメモです.ユーザーコミュニティは本当にありがたいですね.

forum.knime.com

以下のWorkflowの"Column Expression"と"Math Formula"をまとめられないのかなー?という質問でした.

まず"Table Creator"で以下の表を作製.
ここでは、column1の0% control, 100% controlのcolumn2の値を使って、testの値を計算するということがしたいと考えました(アッセイのネガコン、ポジコンのデータを使って、サンプルの反応割合を算出するイメージ).

"Column Expression"では0%control, 100%controlの列のcolumn2の数値を抜き出して新しい列に加える、ということをしています.

最後に"Math Formula"で割合を計算しました.

これだと2つノードが必要なのですが、"Column Expression"だけでできそうな気もするが…とちょっと試したけど行ごとの計算しかできなかったので、KNIME Forumで質問をしてみたという次第です.

結果的に今の"Column Expression"だと平均値とかの計算はできないみたいなんで、このやり方でまあ良いでしょう、ということでした.