t_kahi’s blog

KNIMEやCellProfiler、創薬に関する記事と,日々のメモです

Life science

「数でとらえる細胞生物学」で、細胞を”感覚的”に理解する

こんにちは,@PKです. 最近、雑務や実験が増えてきて忙しさのピークでしたが、在宅勤務になり自宅で論文を読んだり、考える時間が増えました. 考えることは重要とはいえ、実験しないとデータが出てこないので、なかなか難しいですね. さて、少し前に話題に…

【KNIME】マルチチャンネル画像データの一部を切り抜いてタイル状に並べるWorkflow①

こんにちは,@PKです. 今日はマルチチャンネル画像データをタイル状に並べるWorkflow①を紹介します. はじめに Workflowの概要 画像ファイルの読み込み ファイル名で画像データを並び替え 画像の特定部分を切り抜き 各チャンネルごとに分解 最後に はじめに …

Open Targetsについて:最近の変更点と個人的に気をつけていること

こんにちは,@PKです. 今日はOpen Targetsについて,気になった最近の変更点や,使う際に自身が気をつけていることについて紹介します. はじめに 変更点について 疾患がより細かく分類されていた 「Pharmacovigilance」:医薬品の副作用情報の追加 標的分子…

非臨床段階における低分子創薬の流れについて(基礎)

こんばんは,@PKです. はじめに Target validation Hit discovery process Assay development Defining a hit series Hit-to-lead & Lead optimization phase 最後に reference はじめに 今回のブログでは,「Principles of early drug discovery」という文…

【Metascape】遺伝子データセットをシグナルや機能ごとにクラスタリングする

こんばんは,@PKです. ある遺伝子のリストに含まれる遺伝子をシグナルや機能ごとにクラスタリングをしたいと思い,調べていたところ,Dr.Bonoの本にMetascapeを使って遺伝子リストから機能の情報を取得する項目がありました. 今更なのですが,このDr.Bono本…

【CellProfiler】Transfluor Assayの画像データをCellProfilerで解析する

こんばんは,@PKです. 今回はTransfluor Assayの画像データセットを解析するCellProfilerのPipelineを紹介します. CellProfilerは,HCAの画像解析を行うフリーソフトウェアです. CellProfiler | Free open-source software for measuring and analyzing ce…

Europe PMCを利用してbioRxivのkeyword-based RSS Feedを作成する

こんにちは,@PKです. bioRxivなどpreprint serverの文献は,生命科学分野でも増加しています. このようなpreprintはPubMed検索では引っかからないので,どのように情報を収集するかを考えていました. 今回はEurope PMCを利用してkeyword-based RSS Feedを…

キナーゼ活性評価におけるAssay Wallについて

こんばんは,@PKです. 自分は,細胞評価系を専門にしておりますが,以前キナーゼや酵素評価系を専門にしている同僚と話した時にキナーゼアッセイのAssay Wallの話を伺い,とても勉強になったのでメモしておきます. Assay Wall(アッセイウォール)という単…

【HCS】High Content ScreeningとCellProfilerについて

こんばんは,@PKです. 創薬 Advent Calendar 2018がまだ空いていたので,駄文ですが25日目の記事として載せてさせてください. 今日はスクリーニング技術の一つである,high content screening(HCS)と,HCS用画像解析ソフト CellProfilerについて簡単に紹介…

ターゲットバリデーションについて

こんにちは、@PKです. 創薬 Advent Calendar 2018の7日目の記事です. 今回は,「ターゲットバリデーション」という創薬プロセスについて,私がどのように考えているのかをご紹介したいと思います. 「ターゲットバリデーション」の意味を調べると以下のよう…

【neuropathic pain】「プラセボ」が「プラセボ効果」引き起こす?

こんばんは. 今日はプラセボ効果に対する興味深い記事を読んだので,紹介したいと思います. 本記事のタイトルと内容はこの論文から引用しています. Does the word “placebo” evoke a placebo response? 神経障害性疼痛治療薬の臨床試験ではプラセボ効果が…

目的遺伝子の発現が高い細胞株をデータベースから探す【CellExpress】

こんばんは. 目的の遺伝子の機能を調べるときに,遺伝子発現が高い細胞株を用いて実験をしたい(できれば自分が持っている細胞だとありがたい…)と思い,データベースを調べていました. 遺伝子発現を検索するためのデータベースは以下に示すようなものや,…