t_kahi’s blog

KNIMEやCellProfiler、創薬に関する記事と,日々のメモです

Life science

【CellProfiler】Transfluor Assayの画像データをCellProfilerで解析する

こんばんは,@PKです. 今回はTransfluor Assayの画像データセットを解析するCellProfilerのPipelineを紹介します. CellProfilerは,HCAの画像解析を行うフリーソフトウェアです. CellProfiler | Free open-source software for measuring and analyzing ce…

Europe PMCを利用してbioRxivのkeyword-based RSS Feedを作成する

こんにちは,@PKです. bioRxivなどpreprint serverの文献は,生命科学分野でも増加しています. このようなpreprintはPubMed検索では引っかからないので,どのように情報を収集するかを考えていました. 今回はEurope PMCを利用してkeyword-based RSS Feedを…

キナーゼ活性評価におけるAssay Wallについて

こんばんは,@PKです. 自分は,細胞評価系を専門にしておりますが,以前キナーゼや酵素評価系を専門にしている同僚と話した時にキナーゼアッセイのAssay Wallの話を伺い,とても勉強になったのでメモしておきます. Assay Wall(アッセイウォール)という単…

【HCS】High Content ScreeningとCellProfilerについて

こんばんは,@PKです. 創薬 Advent Calendar 2018がまだ空いていたので,駄文ですが25日目の記事として載せてさせてください. 今日はスクリーニング技術の一つである,high content screening(HCS)と,HCS用画像解析ソフト CellProfilerについて簡単に紹介…

ターゲットバリデーションについて

こんにちは、@PKです. 創薬 Advent Calendar 2018の7日目の記事です. 今回は,「ターゲットバリデーション」という創薬プロセスについて,私がどのように考えているのかをご紹介したいと思います. 「ターゲットバリデーション」の意味を調べると以下のよう…

【neuropathic pain】「プラセボ」が「プラセボ効果」引き起こす?

こんばんは. 今日はプラセボ効果に対する興味深い記事を読んだので,紹介したいと思います. 本記事のタイトルと内容はこの論文から引用しています. Does the word “placebo” evoke a placebo response? 神経障害性疼痛治療薬の臨床試験ではプラセボ効果が…

目的遺伝子の発現が高い細胞株をデータベースから探す【CellExpress】

こんばんは. 目的の遺伝子の機能を調べるときに,遺伝子発現が高い細胞株を用いて実験をしたい(できれば自分が持っている細胞だとありがたい…)と思い,データベースを調べていました. 遺伝子発現を検索するためのデータベースは以下に示すようなものや,…