こんばんは．
目的の遺伝子の機能を調べるときに，遺伝子発現が高い細胞株を用いて実験をしたい（できれば自分が持っている細胞だとありがたい…）と思い，データベースを調べていました．
遺伝子発現を検索するためのデータベースは以下に示すようなものや，使い方の紹介なども豊富にそろっています．
RefEx - Reference Expression Dataset
BioGPS - your Gene Portal System
遺伝子発現データベース・解析ツールの使い方 統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
今回は，CellExpressというデータベースで細胞株データベースから目的の遺伝子の発現量の相対値をしらべることができましたので，調べ方を簡単にメモしておこうと思います．
論文もありました． https://academic.oup.com/database/article/doi/10.1093/database/bax101/4803287
CellExpressは以下のURLです．
Welcome | CellExpress
今回は細胞株での目的遺伝の発現レベルを調査したかったので，Cell Line Microarray Dataへ飛びます．
Stepは1~4までありました．
まずどのようにキーワード検索をするか選択し，その後遺伝子名で検索する場合はキーワードボックスにgene symbolを記入します．
とりあえずsigma-1遺伝子を検索してみることにしました．
そのあと，どのデータセットの細胞株のデータを検索するのかを選択します．
今回は発現レベルが高い細胞株が知りたかったので，select allを選択しました．
最後にNormalize methodを選択します．
ハウスキーピング遺伝子やCVを選択できます．
今回はGAPDHでノーマライズされたデータを見てみます．
submitで各データセットの細胞株での遺伝子発現のデータを入手することができました．
CSVに出力ができたので，自分が持っている細胞株のデータと照らし合わせて，実際に発現量や遺伝子の機能を評価してみようと思います．
他に良いデータベースをご存知のかたがいらっしゃったら是非教えていただきたいです．．．
