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こんばんは，@PKです. ある遺伝子のリストに含まれる遺伝子をシグナルや機能ごとにクラスタリングをしたいと思い，調べていたところ，Dr.Bonoの本にMetascapeを使って遺伝子リストから機能の情報を取得する項目がありました． 今更なのですが，このDr.Bono本…
I posted blog about calculation of Quadratic Entropy (QE) before. www.t-kahi.com Today, I will calculate and compare the diversity indices, Quadratic Entropy (QE), Shannon Entropy & Simpson index. these diversity indices were used to evalu…
High Content Analysis (HCA) is one of the powerful tools for the drug discovery. High-content screening (HCS), also known as high-content analysis (HCA) or cellomics, is a method that is used in biological research and drug discovery to id…
こんばんは，@PKです. これまでk-meansや階層型クラスタリングなどのでクラスター分析について紹介しました． www.t-kahi.com www.t-kahi.com 今回はKNIMEでDBSCANクラスリングについて紹介します． DBSCANについて DBSCAN サンプルデータ作成 「DBSCAN」ノ…
こんばんは，@PKです. 前回KNIMEでクラスタリング(1)でk-meansでクラスター分析について紹介しました． www.t-kahi.com 今回はKNIMEでの階層型クラスリングについて紹介します． 階層型クラスタリングについて 階層型クラスタリング サンプルデータ作成 「Hi…
こんばんは，@PKです. クラスター分析といえば，階層型クラスタリングやk-meansなどが有名かと思いますが，KNIMEでもクラスター分析に関するノードがいくつか用意されています． 今回はクラスター分析に関するKNIMEノード紹介と，k-meansでクラスター分析を…
こんばんは，@PKです. 前回の記事では，Support Vector Machine (SVM) のKNIME Workflowについて紹介しました． www.t-kahi.com 今回はSVMのKNIME WorkflowをRやPythonのノードを使って行うWorkflowを紹介します． KNIME Workflow概要 「R Learner/Predictor…
こんばんは，@PKです. これまでRandom ForestをKNIMEで行うためのノード紹介やパラメーターの最適化などを紹介してきました． www.t-kahi.com www.t-kahi.com 今回は〈後編〉ということで，これまで〈前編〉〈中編〉でKNIMEの専用ノードで行った処理を，Rのc…
こんにちは，@PKです. 今日は判別分析の一種である線形判別分析(Linear Discriminant Analysis)のKNIME Workflowについて紹介したいと思います． 線形判別分析(Linear Discriminant Analysis) とは KNIME Workflowの概要 「Linear Discrimination Analysis」…
こんにちは，@PKです. 前回は単回帰分析でしたので，今回は重回帰分析編です． www.t-kahi.com 散布図・回帰直線の作成，回帰分析結果を出力し，KNIMEで重回帰分析を行う際はどのノードを使うのが良いかを考えてみます． また，交互作用を考慮した重回帰分析…
こんにちは，@PKです. 今回はKNIMEで単回帰分析を行うWorkflowについて紹介します． 散布図・回帰直線の作成，回帰分析結果を出力し，どのノードを使うのが良いかを考えてみます． KNIME Worlkflowの概要 「R view」で散布図と回帰直線の作成 単回帰分析の回…
こんにちは，@PKです. 最近，統計の勉強をRでやり直しています． Rではlm関数を使うと，簡単に線形回帰分析を行うことができます． lm function | R Documentation このlm関数で回帰分析を行った際に，回帰モデルに加えて，残差を視覚的に評価するための回帰…
