Europe PMCを利用してbioRxivのkeyword-based RSS Feedを作成する

こんにちは，@PKです.

bioRxivなどpreprint serverの文献は，生命科学分野でも増加しています．このようなpreprintはPubMed検索では引っかからないので，どのように情報を収集するかを考えていました．
今回はEurope PMCを利用してkeyword-based RSS Feedを作成するという事を教えていただきましたので，記事にしました．
bioRxivやRSS Feedに馴染みのない方もいると思うので簡単に紹介していきます．

bioRxivとは
RSS Feedとは
Europe PMCからbioRxivのkeyword-based RSS Feedを作成する

bioRxivとは

bioRxiv（バイオアーカイヴ）は2013年11月に開始された生物学のプレプリントリポジトリである。正式な表記はbioRχivで、χはエックスではなくギリシャ文字のχ（カイ）である。コールド・スプリング・ハーバー研究所 (Cold Spring Harbor Laboratory, CSHL) が運営している。プレプリントであるので、bioRχivが提供する論文は査読されていない。しかし基本的な選別と剽窃の判別は行われている。読者はプレプリント論文にコメントを付けることができる。 BioRxiv - Wikipedia

bioRxivは上述の通り，生命科学分野のプレプリントサーバーです．
bioRxiv.org - the preprint server for Biology
BioRxivとは何か

以下図の通り，Bioinfomaticsのような情報科学の分野だけでなく，NeuroscienceやCell Biologyでも投稿数が増加していることがわかります．

Figure 1.
Tracking the popularity and outcomes of all bioRxiv preprints
Richard J. Abdill, Ran Blekhman
bioRxiv 515643; doi: https://doi.org/10.1101/515643
Now published in eLife doi: 10.7554/eLife.45133

というわけで，bioRxivから新鮮な専門分野の情報を入手して自身の研究に役立てることも重要になってくるかと思います．

RSS Feedとは

RSSとは，ニュース記事やブログなどの情報の要旨を配信するフォーマットのことを指します．
RSS - Wikipedia

ほとんど全ての科学雑誌でこのRSS Feedを使うことができ，新着の論文情報などを簡単にチェックすることができます．
例えばJournal of Neuroscienceだと以下のような画面でRSSを取得することができます．
f:id:t_kahi:20190731081229p:plain
RSS Feeds | Journal of Neuroscience

またこのRSS Feedを定期的にチェックし，新着記事がある場合に自動で取得して表示するツールとして「RSS Reader」があります．
RSS Readerはいろいろと種類があるので，個人の好みに合わせて使うのが良いかと思います．
Feedly. Read more, know more.
Inoreader - The content reader for power users who want to save time.

自分の場合はFeedlyを使って，専門分野の雑誌の最新記事とPubMedのキーワード検索のRSS Feedを取得しています．

PubMedは特定のキーワードを含む新着論文をRSS Feedで自動で取得することができて最高に便利です．
Pubmedで特定のキーワードを含む文献をRSSリーダーで自動受信する | LifeScienceProject

特に注目している創薬ターゲットの情報などは，常に最新の知見を収集しておく必要がありますが，定期的にPubMed検索かけるのもめんどくさいですよね．
その場合はRSS Feedを作って新着があるときだけチェックする仕組みを作っておくと受動的に情報が収集されるのでキャッチアップを早くすることができます．

さて，前置きが長くなりましたが，本題に入ります．

Europe PMCからbioRxivのkeyword-based RSS Feedを作成する

bioRxivにもRSS Feedがありますが，大まかなジャンルごとの配信で，PubMedのような細かいキーワード検索はできないようでした．
Alerts/RSS | bioRxiv

というわけで，昨晩その話をつぶやいたところ… Europe PMCから即返信がきました．

If you want to set up keyword-based RSS feeds for bioRxiv+PubMed you could use Europe PMC search. https://t.co/5yhQIAGAH3 covers preprints and PubMed publications; https://t.co/YI2p586oSM covers all preprints; https://t.co/bVcyK3yAgh is for bioRxiv specifically
— Europe PMC (@EuropePMC_news) July 30, 2019

Europe PMCとは，欧州のオープンアクセスリポジトリのことです． f:id:t_kahi:20190731085551p:plain Europe PMC

Europe PubMed Central (Europe PMC) is an open-access repository which contains millions of biomedical research works. It was known as UK PubMed Central until 1 November 2012. Europe PubMed Central - Wikipedia

下記図はEurope PMCで検索できるものを示しています．
PubMed論文以外にもpreprintや博士論文などの情報も検索することができるらしく，非常に便利だと感じました．
f:id:t_kahi:20190731084839p:plain Europe PMC Help - Europe PMC