t_kahi’s blog

KNIMEやCellProfiler、創薬に関する記事と,日々のメモです

KNIME TVとKNIME HubでWorkflow作成と解析手法を学ぶ

こんにちは,@PKです.

動画コンテンツって、意外と時間を食うのでなかなか気持ちに余裕がないと見れない(見る気にならない)のですが、GWは気持ちに余裕があったので、YoutbeのKNIME TVの最近のWebinar動画を何本か見て、KNIME Hubで関連するworkflowをダウンロードして実際に動かしながら勉強しました.

KNIME TV www.youtube.com

KNIME Hub hub.knime.com

Webbinarの動画をYoutubeに上げて、更にWorkflowもKNIME Hubに置いてくれているので、リアルタイムで参加できなくても勉強できるのは本当に素晴らしい(しかも無料).

自分の専門とは直接関係ないものがほとんどですが、ライフサイエンスや創薬関連の動画も多くあるので、専門とぴったりの方も多くいるかしれません. メモがわりに、見た動画、参考になったTips(専門じゃないので細かい内容はわからなかった…)を書いておきます.

Text Mining on Biomedical Literature

KNIME上で複数の疾患のPubMed検索結果を取得して、Text miningを行うWebinar.

www.youtube.com

KNIME workflowはKNIME Hubに置いてあるので、手も一緒に動かすと、更によくわかります. 自身の関連する疾患を色々と調べてみても面白かったです.

hub.knime.com

「Document grabber」ノードが非常に便利でした.
Document Grabber — NodePit

以前にPubMedAPIとQuickFormノードを使ってアブストラクトを取得するWorkflowを紹介しましたが、現在はQuickFormはレガシーノードなので、Widgetノードと「Document grabber」でデータを取ってくれば、インタラクティブに文献情報を取ってこれるので効率が良いです.次からはそうします.

www.t-kahi.com

Working with the RDKit in KNIME Analytics Platform

www.youtube.com

ケモインフォマティクスは専門外なのでワークフロー処置とノードの使い方を眺めながら、データの処理を学びました.

Workflow一式はここからダウンロードできます.
tinyurl.com
.knar形式(KNIME workflow group)形式なので、そのままローカルにインポートすればすぐにKNIME workflowを動かすことができます.

本筋の話ではないんですけど、KNIME workflowを誰かに作ってあげるときに、 読み込むデータもまとめてworkflow groupに入れてexportして、ファイル読み込みの nodeはworkflow-relative file pathで指定してあげれば余計な手間もかからなくて便利ですね. あとはexerciseとsolutionのフォルダを作って、exerciseはノード穴埋めでworkflowを完成させるやり方も、Hands-onの参考になりました…!

relative file pathは以下のKeeping Your Data with Your Workflowに記載があります.
Tips & Tricks for Using KNIME Analytics Platform. Today: Bunny Ears, Metanodes & Co. | KNIME

上記以外も、pivotの使い方とか、visualizationとかのTipsを教えてくれるので良いです.

あとは、

Time Series Analysis Workshop

www.youtube.com
時系列データの解析のためのノードもかなり用意されていることを知りました.

Bringing Data Manipulation from KNIME into TIBCO Spotfire
www.youtube.com
Spotfireの前処理にKNIME使っていますが、ここまで双方向に扱えるのか、、と驚きました.

終わりに

Webinarの動画を見て、Workflowのちょっとしたコツや、ハンズオンのためのWorkflowの作り方が改めて勉強になって面白かったです. それ以外にも、KNIMEの初心者のための動画もたくさんアップロードされているので、興味がある方は、KNIME Hubのデータを使いながら簡単に勉強できると思います(自動字幕ついているし).