こんにちは，@PKです.
きた( ´∀｀) pic.twitter.com/lP2HPgzQGW
— PK (@t_kahi) 2020年2月22日
以前から欲しかったiMACを手に入れることができました． これでようやく手元の書籍を見ながら解析の勉強ができる…！ 今回は、iMacで色々（KNIME, CellProfiler, Python, R）と環境設定をした備忘録です．
ちなみにKNIMEとRの連携はうまくできなかったので、できたら追記します
2/27追記：KNIME teamに問い合わせて、R extensionも完全に動くようになりました！感謝！
KNIMEのインストール
Download KNIME Analytics Platform | KNIME
MacだとDisk Copy Disk Imageという.dmg形式でダウンロードされます．
ダウンロード終了後、ファイルを開いて、アプリケーションにドラッグ＆ドロップでインストール完了．
アプリケーションからKNIMEを立ち上げると、ちゃんと起動できたのでHappy！
KNIMEは使用頻度が高いのでDockに追加しておきます．
CellProfilerのインストール
CellProfilerも同じようにインストールができるます．
CellProfiler | Free open-source software for measuring and analyzing cell images
こちらも起動させてsample pipelineが動くことを確認．ありがたい…
Pythonの環境設定とKNIME integration
KNIMEのPython integrationでは、anaconda環境を強く推奨しているようです．
KNIME Python Integration Installation Guide
ということで、Anacondaをインストール
Anaconda Python/R Distribution - Free Download
インストールが終わったので、ターミナルを開いてcondaと打ってみる
zsh: command not found: conda
あれ…立ち上がらない…
調べてみると、下記のようにシェルがbashではなく、zshなのが原因らしい
調べてみると同じことが皆さん起きているようだったので、下記記事を参考にしました．
macOS CatelinaにAnacondaをインストールする（zshでの不具合対応）
上記対応後、もう一度conda
% conda usage: conda [-h] [-V] command ... conda is a tool for managing and deploying applications, environments and packages. Options: ...
大丈夫そうです．
あとは、NIME Python Integration Installation Guideの通りに進める．
KNIMEのためのconda環境を用意します．
記事内のpy36_knime.ymlをディレクトリに保存して、conda env create -f py36_knime.ymlで環境を作成します．
KNIMEを開いて、PythonのPathと環境を設定します．
「Python Source」ノードを開いて実行すると、execution successfulになるので、無事KNIME上でPythonが動かせそうです．
Rの環境設定とKNIME integration
ここで思いっきり詰まりました．
R server for knime · knime-mpicbg/knime-scripting Wiki · GitHub
最新版のRをインストールして、Rserverを入れ見てみたましたが、エラーが出て断念
R for Mac OS X
XQuartz入れたけどやっぱりダメ…
XQuartz
この辺を参考しながらもう少し粘ってみます
Install R alongside KNIME on Windows and MacOS - Scripting - KNIME Community Forum
R Problems on macOS (high sierra) since R version 3.5 - KNIME Analytics Platform - KNIME Community Forum
Rseveのバージョンの問題のようなんだけど、下記と同じように、うまくバージョンをあげられない…
KNIME : R evaluation failed. - KNIME Extensions - KNIME Community Forum
うまくできたら追記します．
2/27追記
KNIMEに直接問い合わせてみたところ、すぐに返信が来ました． やはりRserveのバージョンの問題で、Rserve1.8-6をインストールするshell scriptを送ってくれました． スッと導入できて、無事RもKNIME上で動くようになりました！
