t_kahi’s blog

KNIMEやCellProfiler、創薬に関する記事と,日々のメモです

【KNIME】Kolmogorov–Smirnov検定(KS-test)をKNIME Workflowで行う

こんばんは,@PKです. 今日はKNIMEでKolmogorov–Smirnov検定(KS-test)を行うWorkflowを紹介したいと思います. Kolmogorov–Smirnov検定(KS-test)とは KNIMEworkflow概要 まとめ(とおまけ) Kolmogorov–Smirnov検定(KS-test)とは Kolmogorov–Smirnov検定とは…

【KNIME】Transpose rows to multiple columns by category

Hi, I'm @PK. I tried to transpose rows to multiple columns by category. The example below showed the transpose of sample data. To solve this issue , I made KNIME workflow below. First, I read sample data which contains two columns, "compou…

【KNIME】重回帰分析をKNIME Workflowで行う

こんにちは,@PKです. 前回は単回帰分析でしたので,今回は重回帰分析編です. www.t-kahi.com 散布図・回帰直線の作成,回帰分析結果を出力し,KNIMEで重回帰分析を行う際はどのノードを使うのが良いかを考えてみます. また,交互作用を考慮した重回帰分析…

【KNIME】単回帰分析をKNIME Workflowで行う:「R snippet」&「Liner Regression Learner」

こんにちは,@PKです. 今回はKNIMEで単回帰分析を行うWorkflowについて紹介します. 散布図・回帰直線の作成,回帰分析結果を出力し,どのノードを使うのが良いかを考えてみます. KNIME Worlkflowの概要 「R view」で散布図と回帰直線の作成 単回帰分析の回…

【KNIME】全てのカラムの数値データをループで処理する

こんばんは,@PKです. 今回は,数値データを含む全てのカラムをループで処理するKNIME Workflowについて紹介します. はじめに Workflowの概要 サンプルデータ取得⇒前処理 ループ処理について まとめ はじめに 以前にKNIME Workflowによる実験データの数値処…

【R】回帰診断図(Regression Diagnosis Plots)をggplot2で表示する

R

こんにちは,@PKです. 最近,統計の勉強をRでやり直しています. Rではlm関数を使うと,簡単に線形回帰分析を行うことができます. lm function | R Documentation このlm関数で回帰分析を行った際に,回帰モデルに加えて,残差を視覚的に評価するための回帰…

【KNIME】実験デザインに応じてKNIME Workflowのループ処理を使い分ける

こんにちは,@PKです. 今回は,実験デザインに応じてKNIMEのループ処理を使い分けることについて紹介したいと思います. 以前,KNIMEで実験データの解析をすることについて紹介をしました. www.t-kahi.com ここでは,データ読み込み時の注意点や,数値デー…

【KNIME】One-way ANOVA(対応なし/対応あり)の結果を出力する

こんにちは,@PKです. 一元配置分散分析(One-way ANOVA)は1つの要因によって影響を受ける3群間以上の平均の差を検定する統計的手法です. 一元配置分散分析 - Wikipedia One-way ANOVAで有意差有り⇒多重検定という流れで使用されます. このOne-way ANOVA…

【KNIME】箱ひげ図(box plot)を作成する:「Conditional box plot」 VS 「R view」

こんにちは,@PKです. KNIMEには様々な可視化用のノードがあることを紹介してきました. www.t-kahi.com 特にJava scriptで構築されているinteractive nodeは,デフォルトのノードと比べても非常に便利で,可視化したデータを選択して次のノードに流せるのは…

【KNIME】1標本・2標本t検定・カイ二乗検定をKNIMEで行う

こんばんは,@PKです. バイオ実験者にとってはt検定やカイ二乗検定は馴染みがあると思いますが,KNIMEでも統計に関する様々なノードを使って簡単な統計解析を実施することができます. 例えば実験結果のワークフローを作って実験結果の解析をするときに,こ…

【KNIME】主成分分析(PCA)ノードを使って,主成分スコア・固有ベクトル・累積寄与率を出す

こんばんは,@PKです. 今日はKNIMEの主成分分析(Principal Component Analysis : PCA)のノードを使って,主成分スコアや固有ベクトル,累積寄与率を算出してみます. 以前からKNIMEのPCAノードを使用していたのですが,累積寄与率などが直接出てこないので,…

KNIME Workflowによる実験データ処理について〈後編:数字データの処理について〉

こんばんは,@PKです. 前回のブログではKNIME Workflowによる実験データ処理について,「データの読み込み」部分のお話をしました. www.t-kahi.com データを読み込むためには,実験デザインの時から意識してデータを加工しやすい表記にしておくことを紹介し…

KNIME Workflowによる実験データ処理について〈前編:データの読み込みについて〉

こんばんは,@PKです. 今日はKNIMEを用いた実験データ処理について,紹介したいと思います. はじめに KNIME workflowの概要 データ読み込みについて 最後に はじめに 実はこれまで,自身もKNIMEを使ってデータ解析をすることは多くはありませんでした. ス…

【KNIME】遺伝子名からPDB IDをまとめて取得する

こんばんは,@PKです. 先日,複数のターゲット遺伝子に関連する構造情報をまとめて取得できないか,と同僚から相談されたので,KNIMEを使って遺伝子名からPDB IDを取得するKNIME Workflowを作成してみました. このWorkflowでは,構造情報が欲しいヒト遺伝子…

筋トレについて考える~プリズナー・トレーニングという筋トレメソッドについて~

こんばんは,@PKです. 皆さんはプリズナー・トレーニングという自重筋トレメソッドをご存じでしょうか. たまに自分がTwitterで筋トレメニューを呟いているのですが, あれはその日行ったプリズナー・トレーニングのメニューをメモ代わりに呟いています. 自…

キナーゼ活性評価におけるAssay Wallについて

こんばんは,@PKです. 自分は,細胞評価系を専門にしておりますが,以前キナーゼや酵素評価系を専門にしている同僚と話した時にキナーゼアッセイのAssay Wallの話を伺い,とても勉強になったのでメモしておきます. Assay Wall(アッセイウォール)という単…

【KNIME】Tukeyの多重検定を「R node」で処理・可視化する

こんにちは,@PKです. 今日はTukeyの多重検定をKNIMEの「R node」で処理・可視化するワークフローを紹介したいと思います. はじめに KNIME R-Project nodesのインストール KNIME上でRを動かすときの注意点 KNIME Workflowの紹介 終わりに はじめに 以前,用…

【KNIME】異なるデータ構造のファイルをループする

こんばんは,@PKです. 以前,KNIMEのループについて紹介しました. t-kahi.hatenablog.com 最近,KNIMEを使って実験データの解析を自動化できるワークフローを作成しています. 出力されたデータをポチポチとEXCELに打ち込んで解析するのではなく,自動的に…

【CellProfiler】【KNIME】MeasureImageQualityでぼやけた画像を検出し,データセットから除去する

こんばんは,@PKです. 今回はハイコンテントアナリシスで撮影した画像に含まれているノイズやぼやけた画像を検出する手法について紹介したいと思います. はじめに CellProfilerの「MeasureImageQuality」モジュールについて KNIMEを使ってぼやけた画像をデ…

【KNIME】【HCS】Parameter Mutual Informationノード:情報が重複した特徴量を見つける

こんにちは,@PKです. 前回,CellProfilerの画像解析結果を,KNIMEで読み込み,Z-scoreの算出⇒可視化,というワークフローを紹介しました. t-kahi.hatenablog.com その際に,複数の特徴量をheatmapを使って可視化する処理について紹介しましたが,この特徴…

【KNIME】CellProfilerの画像解析データからZ-Scoreを算出して可視化する②

こんばんは,@PKです. 前回の記事で,HCSの画像データをCellProfilerで解析⇒Z-Scoreを可視化するという取り組み①を紹介しました. t-kahi.hatenablog.com 今回は,以下ワークフロー②の部分(interactive Heatmapを使った可視化と選んだデータの画像を表示)…

【KNIME】CellProfilerの画像解析データからZ-Scoreを算出して可視化する①

こんにちは,@PKです. 以前に,CellProfilerを使って薬理活性化合物を処理した細胞染色画像の解析について紹介しました. t-kahi.hatenablog.com t-kahi.hatenablog.com 384well plate1枚分の画像を解析しただけですが,384well x 9field = 3456行のデータ…

【CellProfiler】薬理活性化合物を処理した細胞染色画像から特徴量を抽出する②

こんにちは,@PKです. 前回のブログでCellProfilerを使って細胞から様々な特徴量を抽出する取り組みを紹介しました.今回はその続きです. t-kahi.hatenablog.com ミトコンドリアや小胞体,ゴルジ体などの細胞小器官のオブジェクト認識と,特徴量の抽出など…

【CellProfiler】薬理活性化合物を処理した細胞染色画像から特徴量を抽出する①

こんにちは,@PKです. mishima.syk13で,CellProfilerで画像解析をしたデータをKNIMEを使って可視化する,という取り組みについて発表する機会をいただけました. 拙い内容でしたが皆さんから意見や感想をいただくことができて本当に勉強になった一日を過ご…

【KNIME】化合物情報を基にChEMBLから作用メカニズム情報を取得する

こんばんは,@PKです. 以前,細胞染色の画像データとメタデータ(処理した化合物名,Well番号,プレート番号)を, CellProfilerの「Metadata」モジュールで紐付ける操作の紹介をしました. t-kahi.hatenablog.com このメタデータには,薬理活性化合物の名前…

【CellProfiler】MeasureTextureモジュールについて

こんばんは,@PKです. 今日はCellProfilerの「MeasureTexture」というモジュールについて紹介したいと思います. はじめに MeasureTextureの設定 Measurement parameter 最後に はじめに これまで画像から特徴量を抽出する際は,「MeasureObjectIntensity」…

【CellProfiler】Metadataモジュールを使って,画像とアッセイ情報を紐付ける

こんばんは,@PKです. 今日でこのブログは一周年だそうです. 引き続きKNIMEやCellProfilerについて紹介をしていきたいと思います. さて,これまでCellProfilerで紹介してきた画像解析は,以下のように,各染色画像が1枚ずつのデータを取り扱ってきました…

【CellProfiler】細胞内の粒子(ドット状の局在)を画像解析する

こんにちは,@PKです. 創薬スクリーニングで使用されるHCS(high content screening )では,様々な細胞内の特徴量を解析することができます. 【HCS】High Content ScreeningとCellProfilerについて - t_kahi’s blog その中でも細胞内の粒子(Speckles)を解…

【CellProfiler】MeasureObjectSizeShapeで取得できる特徴量について

こんばんは,@PKです. 以前,CellProfilerに関する記事を書いたときに,「MeasureObjectSizeShape」モジュールで取得できる特徴量について,細かく触れることができませんでした. t-kahi.hatenablog.com 今回は「MeasureObjectSizeShape」でどのような特徴…

【CellProfiler】MeasureObjectIntensityで取得できる特徴量について

こんばんは,@PKです. 以前,CellProfilerに関する記事を書いたときに,「MeasureObjectIntensity」モジュールで取得できる特徴量について,細かく触れることができませんでした. t-kahi.hatenablog.com 今回は「MeasureObjectIntensity」でどのような特徴…