t_kahi’s blog

KNIMEやCellProfiler、創薬に関する記事と,日々のメモです

【KNIME】主成分分析(PCA)ノードを使って,主成分スコア・固有ベクトル・累積寄与率を出す

こんばんは,@PKです. 今日はKNIMEの主成分分析(Principal Component Analysis : PCA)のノードを使って,主成分スコアや固有ベクトル,累積寄与率を算出してみます. 以前からKNIMEのPCAノードを使用していたのですが,累積寄与率などが直接出てこないので,…

KNIME Workflowによる実験データ処理について〈後編:数字データの処理について〉

こんばんは,@PKです. 前回のブログではKNIME Workflowによる実験データ処理について,「データの読み込み」部分のお話をしました. www.t-kahi.com データを読み込むためには,実験デザインの時から意識してデータを加工しやすい表記にしておくことを紹介し…

KNIME Workflowによる実験データ処理について〈前編:データの読み込みについて〉

こんばんは,@PKです. 今日はKNIMEを用いた実験データ処理について,紹介したいと思います. はじめに KNIME workflowの概要 データ読み込みについて 最後に はじめに 実はこれまで,自身もKNIMEを使ってデータ解析をすることは多くはありませんでした. ス…

【KNIME】遺伝子名からPDB IDをまとめて取得する

こんばんは,@PKです. 先日,複数のターゲット遺伝子に関連する構造情報をまとめて取得できないか,と同僚から相談されたので,KNIMEを使って遺伝子名からPDB IDを取得するKNIME Workflowを作成してみました. このWorkflowでは,構造情報が欲しいヒト遺伝子…

筋トレについて考える~プリズナー・トレーニングという筋トレメソッドについて~

こんばんは,@PKです. 皆さんはプリズナー・トレーニングという自重筋トレメソッドをご存じでしょうか. たまに自分がTwitterで筋トレメニューを呟いているのですが, あれはその日行ったプリズナー・トレーニングのメニューをメモ代わりに呟いています. 自…

キナーゼ活性評価におけるAssay Wallについて

こんばんは,@PKです. 自分は,細胞評価系を専門にしておりますが,以前キナーゼや酵素評価系を専門にしている同僚と話した時にキナーゼアッセイのAssay Wallの話を伺い,とても勉強になったのでメモしておきます. Assay Wall(アッセイウォール)という単…

【KNIME】Tukeyの多重検定を「R node」で処理・可視化する

こんにちは,@PKです. 今日はTukeyの多重検定をKNIMEの「R node」で処理・可視化するワークフローを紹介したいと思います. はじめに KNIME R-Project nodesのインストール KNIME上でRを動かすときの注意点 KNIME Workflowの紹介 終わりに はじめに 以前,用…

【KNIME】異なるデータ構造のファイルをループする

こんばんは,@PKです. 以前,KNIMEのループについて紹介しました. t-kahi.hatenablog.com 最近,KNIMEを使って実験データの解析を自動化できるワークフローを作成しています. 出力されたデータをポチポチとEXCELに打ち込んで解析するのではなく,自動的に…

【CellProfiler】【KNIME】MeasureImageQualityでぼやけた画像を検出し,データセットから除去する

こんばんは,@PKです. 今回はハイコンテントアナリシスで撮影した画像に含まれているノイズやぼやけた画像を検出する手法について紹介したいと思います. はじめに CellProfilerの「MeasureImageQuality」モジュールについて KNIMEを使ってぼやけた画像をデ…

【KNIME】【HCS】Parameter Mutual Informationノード:情報が重複した特徴量を見つける

こんにちは,@PKです. 前回,CellProfilerの画像解析結果を,KNIMEで読み込み,Z-scoreの算出⇒可視化,というワークフローを紹介しました. t-kahi.hatenablog.com その際に,複数の特徴量をheatmapを使って可視化する処理について紹介しましたが,この特徴…

【KNIME】CellProfilerの画像解析データからZ-Scoreを算出して可視化する②

こんばんは,@PKです. 前回の記事で,HCSの画像データをCellProfilerで解析⇒Z-Scoreを可視化するという取り組み①を紹介しました. t-kahi.hatenablog.com 今回は,以下ワークフロー②の部分(interactive Heatmapを使った可視化と選んだデータの画像を表示)…

【KNIME】CellProfilerの画像解析データからZ-Scoreを算出して可視化する①

こんにちは,@PKです. 以前に,CellProfilerを使って薬理活性化合物を処理した細胞染色画像の解析について紹介しました. t-kahi.hatenablog.com t-kahi.hatenablog.com 384well plate1枚分の画像を解析しただけですが,384well x 9field = 3456行のデータ…

【CellProfiler】薬理活性化合物を処理した細胞染色画像から特徴量を抽出する②

こんにちは,@PKです. 前回のブログでCellProfilerを使って細胞から様々な特徴量を抽出する取り組みを紹介しました.今回はその続きです. t-kahi.hatenablog.com ミトコンドリアや小胞体,ゴルジ体などの細胞小器官のオブジェクト認識と,特徴量の抽出など…

【CellProfiler】薬理活性化合物を処理した細胞染色画像から特徴量を抽出する①

こんにちは,@PKです. mishima.syk13で,CellProfilerで画像解析をしたデータをKNIMEを使って可視化する,という取り組みについて発表する機会をいただけました. 拙い内容でしたが皆さんから意見や感想をいただくことができて本当に勉強になった一日を過ご…

【KNIME】化合物情報を基にChEMBLから作用メカニズム情報を取得する

こんばんは,@PKです. 以前,細胞染色の画像データとメタデータ(処理した化合物名,Well番号,プレート番号)を, CellProfilerの「Metadata」モジュールで紐付ける操作の紹介をしました. t-kahi.hatenablog.com このメタデータには,薬理活性化合物の名前…

【CellProfiler】MeasureTextureモジュールについて

こんばんは,@PKです. 今日はCellProfilerの「MeasureTexture」というモジュールについて紹介したいと思います. はじめに MeasureTextureの設定 Measurement parameter 最後に はじめに これまで画像から特徴量を抽出する際は,「MeasureObjectIntensity」…

【CellProfiler】Metadataモジュールを使って,画像とアッセイ情報を紐付ける

こんばんは,@PKです. 今日でこのブログは一周年だそうです. 引き続きKNIMEやCellProfilerについて紹介をしていきたいと思います. さて,これまでCellProfilerで紹介してきた画像解析は,以下のように,各染色画像が1枚ずつのデータを取り扱ってきました…

【CellProfiler】細胞内の粒子(ドット状の局在)を画像解析する

こんにちは,@PKです. 創薬スクリーニングで使用されるHCS(high content screening )では,様々な細胞内の特徴量を解析することができます. 【HCS】High Content ScreeningとCellProfilerについて - t_kahi’s blog その中でも細胞内の粒子(Speckles)を解…

【CellProfiler】MeasureObjectSizeShapeで取得できる特徴量について

こんばんは,@PKです. 以前,CellProfilerに関する記事を書いたときに,「MeasureObjectSizeShape」モジュールで取得できる特徴量について,細かく触れることができませんでした. t-kahi.hatenablog.com 今回は「MeasureObjectSizeShape」でどのような特徴…

【CellProfiler】MeasureObjectIntensityで取得できる特徴量について

こんばんは,@PKです. 以前,CellProfilerに関する記事を書いたときに,「MeasureObjectIntensity」モジュールで取得できる特徴量について,細かく触れることができませんでした. t-kahi.hatenablog.com 今回は「MeasureObjectIntensity」でどのような特徴…

【KNIME】CellProfilerの画像解析結果を可視化する

こんにちは,@PKです. 前回の記事でCellProfilerのExample pipelineを紹介しました. t-kahi.hatenablog.com この記事では,CellProfilerを使って核染色,細胞質染色,PH3(リン酸化ヒストンH3)を染色した画像データから,以下のように「核」「細胞」「PH3」…

【CellProfiler】Example pipelineで画像解析の基礎を学ぶ④

こんばんは,@PKです. CellProfilerのExample pipelineを使って画像解析を学ぶ第4回です. 前回はこちら. t-kahi.hatenablog.com 今回は,オブジェクト同士の関係性を設定するモジュールや,2次オブジェクトの設定の部分を中心に最後まで紹介していきます.…

【CellProfiler】Example pipelineで画像解析の基礎を学ぶ③

こんばんは,@PKです. CellProfilerのExample pipelineを使って画像解析を学ぶ第3回です. t-kahi.hatenablog.com 前回,IdentifyPrimaryObjectsでAdvanced settingに少し触れて終わりましたので,今回はその内容について少し紹介したいと思います. Advance…

【CellProfiler】Example pipelineで画像解析の基礎を学ぶ②

こんばんは,@PKです. 前回の続きでExamplePipelineの処理を確認しながらCellProfilerの使い方に慣れていきます. t-kahi.hatenablog.com 今回はPipeineの順番通りに各処理を確認していきますが,「Image」から「IdentifyPrimaryObjects」までを紹介したいと…

【CellProfiler】Example pipelineで画像解析の基礎を学ぶ①

こんにちは,@PKです. 前回のブログでCellProfilerについて紹介をしました. t-kahi.hatenablog.com CellProfilerのサイトはこちら cellprofiler.org 今回はCellProfilerのサイトからダウンロードできるサンプルパイプラインについて,画像処理・解析の簡単…

【HCS】High Content ScreeningとCellProfilerについて

こんばんは,@PKです. 創薬 Advent Calendar 2018がまだ空いていたので,駄文ですが25日目の記事として載せてさせてください. 今日はスクリーニング技術の一つである,high content screening(HCS)と,HCS用画像解析ソフト CellProfilerについて簡単に紹介…

ターゲットバリデーションについて

こんにちは、@PKです. 創薬 Advent Calendar 2018の7日目の記事です. 今回は,「ターゲットバリデーション」という創薬プロセスについて,私がどのように考えているのかをご紹介したいと思います. 「ターゲットバリデーション」の意味を調べると以下のよう…

【KNIME】BioGRIDを使って,タンパク質相互作用の情報をまとめて取得する

こんにちは、@PKです. 創薬 Advent Calendar 2018の5日目の記事です. 複数の創薬のターゲット分子がどのような因子と相互作用しているか調査をしたいと思い,BioGRIDというデータベースを使って,タンパク質相互作用の情報をまとめて取得することをKNIMEを…

【neuropathic pain】「プラセボ」が「プラセボ効果」引き起こす?

こんばんは. 今日はプラセボ効果に対する興味深い記事を読んだので,紹介したいと思います. 本記事のタイトルと内容はこの論文から引用しています. Does the word “placebo” evoke a placebo response? 神経障害性疼痛治療薬の臨床試験ではプラセボ効果が…

目的遺伝子の発現が高い細胞株をデータベースから探す【CellExpress】

こんばんは. 目的の遺伝子の機能を調べるときに,遺伝子発現が高い細胞株を用いて実験をしたい(できれば自分が持っている細胞だとありがたい…)と思い,データベースを調べていました. 遺伝子発現を検索するためのデータベースは以下に示すようなものや,…