こんにちは，@PKです. 動画コンテンツって、意外と時間を食うのでなかなか気持ちに余裕がないと見れない（見る気にならない）のですが、GWは気持ちに余裕があったので、YoutbeのKNIME TVの最近のWebinar動画を何本か見て、KNIME Hubで関連するworkflowをダウ…

こんにちは，@PKです. 最近、雑務や実験が増えてきて忙しさのピークでしたが、在宅勤務になり自宅で論文を読んだり、考える時間が増えました． 考えることは重要とはいえ、実験しないとデータが出てこないので、なかなか難しいですね． さて、少し前に話題に…

こんにちは，@PKです. はじめに Seven Techniques for Data Dimensionality Reduction Missing Values Ratio Low Variance Filter High Correlation Filter Random Forests / Ensemble Trees Principal Component Analysis (PCA) Backward Feature Eliminati…

こんにちは，@PKです. きた( ´∀｀) pic.twitter.com/lP2HPgzQGW— PK (@t_kahi) 2020年2月22日 以前から欲しかったiMACを手に入れることができました． これでようやく手元の書籍を見ながら解析の勉強ができる…！ 今回は、iMacで色々（KNIME, CellProfiler, P…

こんにちは，@PKです. 今日は，CellProfilerのCorrectIlluminationモジュールで画像データの照度補正について紹介します． はじめに illumination functionの作成方法 CorrectIlluminationモジュールの紹介 「CorrectIlluminationCalculate」の設定画面 「Co…

こんにちは，@PKです. 今日はマルチチャンネル画像データをタイル状に並べるWorkflow②を紹介します． はじめに Workflowの紹介 チャンネルごとにループ処理を行い，タイル画像を作成 チャンネルごとのタイル画像を1枚のマルチチャンネル画像に変換 最後に は…

こんにちは，@PKです. 今日はマルチチャンネル画像データをタイル状に並べるWorkflow①を紹介します． はじめに Workflowの概要 画像ファイルの読み込み ファイル名で画像データを並び替え 画像の特定部分を切り抜き 各チャンネルごとに分解 最後に はじめに …

こんにちは，@PKです. 今日はOpen Targetsについて，気になった最近の変更点や，使う際に自身が気をつけていることについて紹介します． はじめに 変更点について 疾患がより細かく分類されていた 「Pharmacovigilance」：医薬品の副作用情報の追加 標的分子…

こんばんは，@PKです. はじめに Target validation Hit discovery process Assay development Defining a hit series Hit-to-lead & Lead optimization phase 最後に reference はじめに 今回のブログでは，「Principles of early drug discovery」という文…

こんにちは，@PKです. こちらは，創薬アドベントカレンダー（Wet）21日目の記事です． 創薬 (wet) Advent Calendar 2019 - Adventar この記事では，「Target-focused phenotype screening」について，紹介します． Target-based screening & Phenotypic scre…

こんにちは，@PKです. こちらは，創薬アドベントカレンダー（Wet）4日目の記事です． 創薬 (wet) Advent Calendar 2019 - Adventar 創薬アドベントカレンダー1~3日目ではCellProfilerの使い方を紹介しましたが，（創薬Wet記事というよりはCellProfilerの使い…