こんばんは，@PKです. バイオ実験者にとってはt検定やカイ二乗検定は馴染みがあると思いますが，KNIMEでも統計に関する様々なノードを使って簡単な統計解析を実施することができます． 例えば実験結果のワークフローを作って実験結果の解析をするときに，こ…

こんばんは，@PKです. 今日はKNIMEの主成分分析(Principal Component Analysis : PCA)のノードを使って，主成分スコアや固有ベクトル，累積寄与率を算出してみます． 以前からKNIMEのPCAノードを使用していたのですが，累積寄与率などが直接出てこないので，…

こんばんは，@PKです. 前回のブログではKNIME Workflowによる実験データ処理について，「データの読み込み」部分のお話をしました． www.t-kahi.com データを読み込むためには，実験デザインの時から意識してデータを加工しやすい表記にしておくことを紹介し…

こんばんは，@PKです. 今日はKNIMEを用いた実験データ処理について，紹介したいと思います． はじめに KNIME workflowの概要 データ読み込みについて 最後に はじめに 実はこれまで，自身もKNIMEを使ってデータ解析をすることは多くはありませんでした． ス…

こんばんは，@PKです. 先日，複数のターゲット遺伝子に関連する構造情報をまとめて取得できないか，と同僚から相談されたので，KNIMEを使って遺伝子名からPDB IDを取得するKNIME Workflowを作成してみました． このWorkflowでは，構造情報が欲しいヒト遺伝子…

こんばんは，@PKです. 皆さんはプリズナー・トレーニングという自重筋トレメソッドをご存じでしょうか． たまに自分がTwitterで筋トレメニューを呟いているのですが， あれはその日行ったプリズナー・トレーニングのメニューをメモ代わりに呟いています． 自…

こんばんは，@PKです. 自分は，細胞評価系を専門にしておりますが，以前キナーゼや酵素評価系を専門にしている同僚と話した時にキナーゼアッセイのAssay Wallの話を伺い，とても勉強になったのでメモしておきます． Assay Wall（アッセイウォール）という単…

こんにちは，@PKです. 今日はTukeyの多重検定をKNIMEの「R node」で処理・可視化するワークフローを紹介したいと思います． はじめに KNIME R-Project nodesのインストール KNIME上でRを動かすときの注意点 KNIME Workflowの紹介 終わりに はじめに 以前，用…

こんばんは，@PKです. 以前，KNIMEのループについて紹介しました． t-kahi.hatenablog.com 最近，KNIMEを使って実験データの解析を自動化できるワークフローを作成しています． 出力されたデータをポチポチとEXCELに打ち込んで解析するのではなく，自動的に…

こんばんは，@PKです. 今回はハイコンテントアナリシスで撮影した画像に含まれているノイズやぼやけた画像を検出する手法について紹介したいと思います． はじめに CellProfilerの「MeasureImageQuality」モジュールについて KNIMEを使ってぼやけた画像をデ…

こんにちは，@PKです. 前回，CellProfilerの画像解析結果を，KNIMEで読み込み，Z-scoreの算出⇒可視化，というワークフローを紹介しました． t-kahi.hatenablog.com その際に，複数の特徴量をheatmapを使って可視化する処理について紹介しましたが，この特徴…