こんばんは，@PKです. 前回の記事で，HCSの画像データをCellProfilerで解析⇒Z-Scoreを可視化するという取り組み①を紹介しました． t-kahi.hatenablog.com 今回は，以下ワークフロー②の部分（interactive Heatmapを使った可視化と選んだデータの画像を表示）…

こんにちは，@PKです. 以前に，CellProfilerを使って薬理活性化合物を処理した細胞染色画像の解析について紹介しました． t-kahi.hatenablog.com t-kahi.hatenablog.com 384well plate１枚分の画像を解析しただけですが，384well x 9field = 3456行のデータ…

こんにちは，@PKです. 前回のブログでCellProfilerを使って細胞から様々な特徴量を抽出する取り組みを紹介しました．今回はその続きです． t-kahi.hatenablog.com ミトコンドリアや小胞体，ゴルジ体などの細胞小器官のオブジェクト認識と，特徴量の抽出など…

こんにちは，@PKです. mishima.syk13で，CellProfilerで画像解析をしたデータをKNIMEを使って可視化する，という取り組みについて発表する機会をいただけました． 拙い内容でしたが皆さんから意見や感想をいただくことができて本当に勉強になった一日を過ご…

こんばんは，@PKです. 以前，細胞染色の画像データとメタデータ（処理した化合物名，Well番号，プレート番号）を， CellProfilerの「Metadata」モジュールで紐付ける操作の紹介をしました． t-kahi.hatenablog.com このメタデータには，薬理活性化合物の名前…

こんばんは，@PKです. 今日はCellProfilerの「MeasureTexture」というモジュールについて紹介したいと思います． はじめに MeasureTextureの設定 Measurement parameter 最後に はじめに これまで画像から特徴量を抽出する際は，「MeasureObjectIntensity」…

こんばんは，@PKです. 今日でこのブログは一周年だそうです． 引き続きKNIMEやCellProfilerについて紹介をしていきたいと思います． さて，これまでCellProfilerで紹介してきた画像解析は，以下のように，各染色画像が１枚ずつのデータを取り扱ってきました…

こんにちは，@PKです. 創薬スクリーニングで使用されるHCS(high content screening )では，様々な細胞内の特徴量を解析することができます． 【HCS】High Content ScreeningとCellProfilerについて - t_kahi’s blog その中でも細胞内の粒子（Speckles）を解…

こんばんは，@PKです. 以前，CellProfilerに関する記事を書いたときに，「MeasureObjectSizeShape」モジュールで取得できる特徴量について，細かく触れることができませんでした． t-kahi.hatenablog.com 今回は「MeasureObjectSizeShape」でどのような特徴…

こんばんは，@PKです. 以前，CellProfilerに関する記事を書いたときに，「MeasureObjectIntensity」モジュールで取得できる特徴量について，細かく触れることができませんでした． t-kahi.hatenablog.com 今回は「MeasureObjectIntensity」でどのような特徴…

こんにちは，@PKです. 前回の記事でCellProfilerのExample pipelineを紹介しました． t-kahi.hatenablog.com この記事では，CellProfilerを使って核染色，細胞質染色，PH3(リン酸化ヒストンH3)を染色した画像データから，以下のように「核」「細胞」「PH3」…