こんばんは，@PKです. 自分は，細胞評価系を専門にしておりますが，以前キナーゼや酵素評価系を専門にしている同僚と話した時にキナーゼアッセイのAssay Wallの話を伺い，とても勉強になったのでメモしておきます． Assay Wall（アッセイウォール）という単…

こんにちは，@PKです. 今日はTukeyの多重検定をKNIMEの「R node」で処理・可視化するワークフローを紹介したいと思います． はじめに KNIME R-Project nodesのインストール KNIME上でRを動かすときの注意点 KNIME Workflowの紹介 終わりに はじめに 以前，用…

こんばんは，@PKです. 以前，KNIMEのループについて紹介しました． t-kahi.hatenablog.com 最近，KNIMEを使って実験データの解析を自動化できるワークフローを作成しています． 出力されたデータをポチポチとEXCELに打ち込んで解析するのではなく，自動的に…

こんばんは，@PKです. 今回はハイコンテントアナリシスで撮影した画像に含まれているノイズやぼやけた画像を検出する手法について紹介したいと思います． はじめに CellProfilerの「MeasureImageQuality」モジュールについて KNIMEを使ってぼやけた画像をデ…

こんにちは，@PKです. 前回，CellProfilerの画像解析結果を，KNIMEで読み込み，Z-scoreの算出⇒可視化，というワークフローを紹介しました． t-kahi.hatenablog.com その際に，複数の特徴量をheatmapを使って可視化する処理について紹介しましたが，この特徴…

こんばんは，@PKです. 前回の記事で，HCSの画像データをCellProfilerで解析⇒Z-Scoreを可視化するという取り組み①を紹介しました． t-kahi.hatenablog.com 今回は，以下ワークフロー②の部分（interactive Heatmapを使った可視化と選んだデータの画像を表示）…

こんにちは，@PKです. 以前に，CellProfilerを使って薬理活性化合物を処理した細胞染色画像の解析について紹介しました． t-kahi.hatenablog.com t-kahi.hatenablog.com 384well plate１枚分の画像を解析しただけですが，384well x 9field = 3456行のデータ…

こんにちは，@PKです. 前回のブログでCellProfilerを使って細胞から様々な特徴量を抽出する取り組みを紹介しました．今回はその続きです． t-kahi.hatenablog.com ミトコンドリアや小胞体，ゴルジ体などの細胞小器官のオブジェクト認識と，特徴量の抽出など…

こんにちは，@PKです. mishima.syk13で，CellProfilerで画像解析をしたデータをKNIMEを使って可視化する，という取り組みについて発表する機会をいただけました． 拙い内容でしたが皆さんから意見や感想をいただくことができて本当に勉強になった一日を過ご…

こんばんは，@PKです. 以前，細胞染色の画像データとメタデータ（処理した化合物名，Well番号，プレート番号）を， CellProfilerの「Metadata」モジュールで紐付ける操作の紹介をしました． t-kahi.hatenablog.com このメタデータには，薬理活性化合物の名前…

こんばんは，@PKです. 今日はCellProfilerの「MeasureTexture」というモジュールについて紹介したいと思います． はじめに MeasureTextureの設定 Measurement parameter 最後に はじめに これまで画像から特徴量を抽出する際は，「MeasureObjectIntensity」…