こんばんは，@PKです. 今日でこのブログは一周年だそうです． 引き続きKNIMEやCellProfilerについて紹介をしていきたいと思います． さて，これまでCellProfilerで紹介してきた画像解析は，以下のように，各染色画像が１枚ずつのデータを取り扱ってきました…

こんにちは，@PKです. 創薬スクリーニングで使用されるHCS(high content screening )では，様々な細胞内の特徴量を解析することができます． 【HCS】High Content ScreeningとCellProfilerについて - t_kahi’s blog その中でも細胞内の粒子（Speckles）を解…

こんばんは，@PKです. 以前，CellProfilerに関する記事を書いたときに，「MeasureObjectSizeShape」モジュールで取得できる特徴量について，細かく触れることができませんでした． t-kahi.hatenablog.com 今回は「MeasureObjectSizeShape」でどのような特徴…

こんばんは，@PKです. 以前，CellProfilerに関する記事を書いたときに，「MeasureObjectIntensity」モジュールで取得できる特徴量について，細かく触れることができませんでした． t-kahi.hatenablog.com 今回は「MeasureObjectIntensity」でどのような特徴…

こんにちは，@PKです. 前回の記事でCellProfilerのExample pipelineを紹介しました． t-kahi.hatenablog.com この記事では，CellProfilerを使って核染色，細胞質染色，PH3(リン酸化ヒストンH3)を染色した画像データから，以下のように「核」「細胞」「PH3」…

こんばんは，@PKです. CellProfilerのExample pipelineを使って画像解析を学ぶ第4回です． 前回はこちら． t-kahi.hatenablog.com 今回は，オブジェクト同士の関係性を設定するモジュールや，2次オブジェクトの設定の部分を中心に最後まで紹介していきます．…

こんばんは，@PKです. CellProfilerのExample pipelineを使って画像解析を学ぶ第3回です． t-kahi.hatenablog.com 前回，IdentifyPrimaryObjectsでAdvanced settingに少し触れて終わりましたので，今回はその内容について少し紹介したいと思います． Advance…

こんばんは，@PKです. 前回の続きでExamplePipelineの処理を確認しながらCellProfilerの使い方に慣れていきます． t-kahi.hatenablog.com 今回はPipeineの順番通りに各処理を確認していきますが，「Image」から「IdentifyPrimaryObjects」までを紹介したいと…

こんにちは，@PKです. 前回のブログでCellProfilerについて紹介をしました． t-kahi.hatenablog.com CellProfilerのサイトはこちら cellprofiler.org 今回はCellProfilerのサイトからダウンロードできるサンプルパイプラインについて，画像処理・解析の簡単…

こんばんは，@PKです. 創薬 Advent Calendar 2018がまだ空いていたので，駄文ですが25日目の記事として載せてさせてください． 今日はスクリーニング技術の一つである，high content screening(HCS)と，HCS用画像解析ソフト CellProfilerについて簡単に紹介…

こんにちは、@PKです. 創薬 Advent Calendar 2018の7日目の記事です． 今回は，「ターゲットバリデーション」という創薬プロセスについて，私がどのように考えているのかをご紹介したいと思います． 「ターゲットバリデーション」の意味を調べると以下のよう…