t_kahi’s blog

KNIMEやCellProfiler、創薬に関する記事と,日々のメモです

2019-06-01から1ヶ月間の記事一覧

【KNIME】〈後編〉QuickFormが便利!PubMed APIで論文の要旨を取得する

こんばんは,@PKです. QuickFormノードを使ってPubMed検索ワード入力を行い,PubMed APIで論文アブストラクトを取得するKNIME Workflowの紹介です. Workflowの概要とQuickformについては前編で紹介しております. QuickForm素敵なので,ご覧になっていない…

【KNIME】〈前編〉QuickFormが便利!PubMed APIで論文の要旨を取得する

こんばんは,@PKです. PubMed APIを使って論文の情報をKNIME上で取得する,という内容について以前ブログで紹介しました. 【KNIME】PubMedの検索結果(タイトル・出版年月日・アブストラクト等)をKNIMEを使ってまとめて取得する - t_kahi’s blog 今日は少し…

【KNIME】Kolmogorov–Smirnov検定(KS-test)をKNIME Workflowで行う

こんばんは,@PKです. 今日はKNIMEでKolmogorov–Smirnov検定(KS-test)を行うWorkflowを紹介したいと思います. Kolmogorov–Smirnov検定(KS-test)とは KNIMEworkflow概要 まとめ(とおまけ) Kolmogorov–Smirnov検定(KS-test)とは Kolmogorov–Smirnov検定とは…

【KNIME】Transpose rows to multiple columns by category

Hi, I'm @PK. I tried to transpose rows to multiple columns by category. The example below showed the transpose of sample data. To solve this issue , I made KNIME workflow below. First, I read sample data which contains two columns, "compou…

【KNIME】重回帰分析をKNIME Workflowで行う

こんにちは,@PKです. 前回は単回帰分析でしたので,今回は重回帰分析編です. www.t-kahi.com 散布図・回帰直線の作成,回帰分析結果を出力し,KNIMEで重回帰分析を行う際はどのノードを使うのが良いかを考えてみます. また,交互作用を考慮した重回帰分析…

【KNIME】単回帰分析をKNIME Workflowで行う:「R snippet」&「Liner Regression Learner」

こんにちは,@PKです. 今回はKNIMEで単回帰分析を行うWorkflowについて紹介します. 散布図・回帰直線の作成,回帰分析結果を出力し,どのノードを使うのが良いかを考えてみます. KNIME Worlkflowの概要 「R view」で散布図と回帰直線の作成 単回帰分析の回…

【KNIME】全てのカラムの数値データをループで処理する

こんばんは,@PKです. 今回は,数値データを含む全てのカラムをループで処理するKNIME Workflowについて紹介します. はじめに Workflowの概要 サンプルデータ取得⇒前処理 ループ処理について まとめ はじめに 以前にKNIME Workflowによる実験データの数値処…

【R】回帰診断図(Regression Diagnosis Plots)をggplot2で表示する

R

こんにちは,@PKです. 最近,統計の勉強をRでやり直しています. Rではlm関数を使うと,簡単に線形回帰分析を行うことができます. lm function | R Documentation このlm関数で回帰分析を行った際に,回帰モデルに加えて,残差を視覚的に評価するための回帰…

【KNIME】実験デザインに応じてKNIME Workflowのループ処理を使い分ける

こんにちは,@PKです. 今回は,実験デザインに応じてKNIMEのループ処理を使い分けることについて紹介したいと思います. 以前,KNIMEで実験データの解析をすることについて紹介をしました. www.t-kahi.com ここでは,データ読み込み時の注意点や,数値デー…

【KNIME】One-way ANOVA(対応なし/対応あり)の結果を出力する

こんにちは,@PKです. 一元配置分散分析(One-way ANOVA)は1つの要因によって影響を受ける3群間以上の平均の差を検定する統計的手法です. 一元配置分散分析 - Wikipedia One-way ANOVAで有意差有り⇒多重検定という流れで使用されます. このOne-way ANOVA…

【KNIME】箱ひげ図(box plot)を作成する:「Conditional box plot」 VS 「R view」

こんにちは,@PKです. KNIMEには様々な可視化用のノードがあることを紹介してきました. www.t-kahi.com 特にJava scriptで構築されているinteractive nodeは,デフォルトのノードと比べても非常に便利で,可視化したデータを選択して次のノードに流せるのは…

【KNIME】1標本・2標本t検定・カイ二乗検定をKNIMEで行う

こんばんは,@PKです. バイオ実験者にとってはt検定やカイ二乗検定は馴染みがあると思いますが,KNIMEでも統計に関する様々なノードを使って簡単な統計解析を実施することができます. 例えば実験結果のワークフローを作って実験結果の解析をするときに,こ…

【KNIME】主成分分析(PCA)ノードを使って,主成分スコア・固有ベクトル・累積寄与率を出す

こんばんは,@PKです. 今日はKNIMEの主成分分析(Principal Component Analysis : PCA)のノードを使って,主成分スコアや固有ベクトル,累積寄与率を算出してみます. 以前からKNIMEのPCAノードを使用していたのですが,累積寄与率などが直接出てこないので,…

KNIME Workflowによる実験データ処理について〈後編:数字データの処理について〉

こんばんは,@PKです. 前回のブログではKNIME Workflowによる実験データ処理について,「データの読み込み」部分のお話をしました. www.t-kahi.com データを読み込むためには,実験デザインの時から意識してデータを加工しやすい表記にしておくことを紹介し…

KNIME Workflowによる実験データ処理について〈前編:データの読み込みについて〉

こんばんは,@PKです. 今日はKNIMEを用いた実験データ処理について,紹介したいと思います. はじめに KNIME workflowの概要 データ読み込みについて 最後に はじめに 実はこれまで,自身もKNIMEを使ってデータ解析をすることは多くはありませんでした. ス…

【KNIME】遺伝子名からPDB IDをまとめて取得する

こんばんは,@PKです. 先日,複数のターゲット遺伝子に関連する構造情報をまとめて取得できないか,と同僚から相談されたので,KNIMEを使って遺伝子名からPDB IDを取得するKNIME Workflowを作成してみました. このWorkflowでは,構造情報が欲しいヒト遺伝子…