こんばんは，@PKです. 今回は，数値データを含む全てのカラムをループで処理するKNIME Workflowについて紹介します． はじめに Workflowの概要 サンプルデータ取得⇒前処理 ループ処理について まとめ はじめに 以前にKNIME Workflowによる実験データの数値処…

こんにちは，@PKです. 最近，統計の勉強をRでやり直しています． Rではlm関数を使うと，簡単に線形回帰分析を行うことができます． lm function | R Documentation このlm関数で回帰分析を行った際に，回帰モデルに加えて，残差を視覚的に評価するための回帰…

こんにちは，@PKです. 今回は，実験デザインに応じてKNIMEのループ処理を使い分けることについて紹介したいと思います． 以前，KNIMEで実験データの解析をすることについて紹介をしました． www.t-kahi.com ここでは，データ読み込み時の注意点や，数値デー…

こんにちは，@PKです. 一元配置分散分析（One-way ANOVA）は１つの要因によって影響を受ける3群間以上の平均の差を検定する統計的手法です． 一元配置分散分析 - Wikipedia One-way ANOVAで有意差有り⇒多重検定という流れで使用されます． このOne-way ANOVA…

こんにちは，@PKです. KNIMEには様々な可視化用のノードがあることを紹介してきました． www.t-kahi.com 特にJava scriptで構築されているinteractive nodeは，デフォルトのノードと比べても非常に便利で，可視化したデータを選択して次のノードに流せるのは…

こんばんは，@PKです. バイオ実験者にとってはt検定やカイ二乗検定は馴染みがあると思いますが，KNIMEでも統計に関する様々なノードを使って簡単な統計解析を実施することができます． 例えば実験結果のワークフローを作って実験結果の解析をするときに，こ…

こんばんは，@PKです. 今日はKNIMEの主成分分析(Principal Component Analysis : PCA)のノードを使って，主成分スコアや固有ベクトル，累積寄与率を算出してみます． 以前からKNIMEのPCAノードを使用していたのですが，累積寄与率などが直接出てこないので，…

こんばんは，@PKです. 前回のブログではKNIME Workflowによる実験データ処理について，「データの読み込み」部分のお話をしました． www.t-kahi.com データを読み込むためには，実験デザインの時から意識してデータを加工しやすい表記にしておくことを紹介し…

こんばんは，@PKです. 今日はKNIMEを用いた実験データ処理について，紹介したいと思います． はじめに KNIME workflowの概要 データ読み込みについて 最後に はじめに 実はこれまで，自身もKNIMEを使ってデータ解析をすることは多くはありませんでした． ス…

こんばんは，@PKです. 先日，複数のターゲット遺伝子に関連する構造情報をまとめて取得できないか，と同僚から相談されたので，KNIMEを使って遺伝子名からPDB IDを取得するKNIME Workflowを作成してみました． このWorkflowでは，構造情報が欲しいヒト遺伝子…

こんばんは，@PKです. 皆さんはプリズナー・トレーニングという自重筋トレメソッドをご存じでしょうか． たまに自分がTwitterで筋トレメニューを呟いているのですが， あれはその日行ったプリズナー・トレーニングのメニューをメモ代わりに呟いています． 自…