t_kahi’s blog

KNIMEやCellProfiler、創薬に関する記事と,日々のメモです

2019-08-01から1ヶ月間の記事一覧

【KNIME】KNIMEでクラスタリング(3):DBSCAN

こんばんは,@PKです. これまでk-meansや階層型クラスタリングなどのでクラスター分析について紹介しました. www.t-kahi.com www.t-kahi.com 今回はKNIMEでDBSCANクラスリングについて紹介します. DBSCANについて DBSCAN サンプルデータ作成 「DBSCAN」ノ…

【KNIME】KNIMEでクラスタリング(2):階層型クラスリング

こんばんは,@PKです. 前回KNIMEでクラスタリング(1)でk-meansでクラスター分析について紹介しました. www.t-kahi.com 今回はKNIMEでの階層型クラスリングについて紹介します. 階層型クラスタリングについて 階層型クラスタリング サンプルデータ作成 「Hi…

【CellProfiler】メタデータを扱う際にUTF-8のBOMでエラーが起きた

CellProfilerで解析をしているときに文字コードエラーで少し悩んだのでメモしておきます. CellProfilerで画像ファイルとメタデータ(画像ファイルとWell配置,処理条件などが記載されたファイル)を”Metadata”モジュールで紐つけて,実行したところ下記エラ…

【KNIME】KNIMEでクラスタリング(1):k-meansでクラスター分析

こんばんは,@PKです. クラスター分析といえば,階層型クラスタリングやk-meansなどが有名かと思いますが,KNIMEでもクラスター分析に関するノードがいくつか用意されています. 今回はクラスター分析に関するKNIMEノード紹介と,k-meansでクラスター分析を…

【CellProfiler】Transfluor Assayの画像データをCellProfilerで解析する

こんばんは,@PKです. 今回はTransfluor Assayの画像データセットを解析するCellProfilerのPipelineを紹介します. CellProfilerは,HCAの画像解析を行うフリーソフトウェアです. CellProfiler | Free open-source software for measuring and analyzing ce…

【CellProfiler】MeasureTextureの測定で出力される「Scale」について

以前CellProfilerのテクスチャ測定に関するモジュールについて紹介しました. www.t-kahi.com 「MeasureTexture」は質感が異なるようなオブジェクトを認識することができます. Measurement — CellProfiler 3.0.0 documentation このテクスチャーモジュール…

【KNIME】〈後編〉Support Vector Machine (SVM) のKNIME Workflowについて:RとPythonノードの実行

こんばんは,@PKです. 前回の記事では,Support Vector Machine (SVM) のKNIME Workflowについて紹介しました. www.t-kahi.com 今回はSVMのKNIME WorkflowをRやPythonのノードを使って行うWorkflowを紹介します. KNIME Workflow概要 「R Learner/Predictor…

【KNIME】〈前編〉Support Vector Machine (SVM) のKNIME Workflowについて

こんばんは,@PKです. 以前の記事では,Random Forestについて3回に分けてご紹介し,機械学習の基礎的な手法(テストデータ・学習データの分類,交差検証,パラメーター最適化)をKNIME Workflowで紹介しました. 【KNIME】〈前編〉KNIMEでRandom Forest:「…