t_kahi’s blog

KNIMEやCellProfiler、創薬に関する記事と,日々のメモです

2019-03-01から1ヶ月間の記事一覧

【KNIME】【HCS】Parameter Mutual Informationノード:情報が重複した特徴量を見つける

こんにちは,@PKです. 前回,CellProfilerの画像解析結果を,KNIMEで読み込み,Z-scoreの算出⇒可視化,というワークフローを紹介しました. t-kahi.hatenablog.com その際に,複数の特徴量をheatmapを使って可視化する処理について紹介しましたが,この特徴…

【KNIME】CellProfilerの画像解析データからZ-Scoreを算出して可視化する②

こんばんは,@PKです. 前回の記事で,HCSの画像データをCellProfilerで解析⇒Z-Scoreを可視化するという取り組み①を紹介しました. t-kahi.hatenablog.com 今回は,以下ワークフロー②の部分(interactive Heatmapを使った可視化と選んだデータの画像を表示)…

【KNIME】CellProfilerの画像解析データからZ-Scoreを算出して可視化する①

こんにちは,@PKです. 以前に,CellProfilerを使って薬理活性化合物を処理した細胞染色画像の解析について紹介しました. t-kahi.hatenablog.com t-kahi.hatenablog.com 384well plate1枚分の画像を解析しただけですが,384well x 9field = 3456行のデータ…