t_kahi’s blog

KNIMEやCellProfiler、創薬に関する記事と,日々のメモです

2018-09-01から1ヶ月間の記事一覧

【KNIME】複数行の内容をまとめてカラム名へ変更する

アッセイデータをKNIMEで編集するとき,複数行のデータを一つにまとめてカラムの名前に変更したいと思ったのですが,すんなりできなかったので,メモ代わりにまとめておきます. やりたいことは以下のような処理です. 数値データの解析がしたいので,文字列…

【後半】KNIMEを使ってプレートのアッセイデータを解析する(heatmap, IC50の算出)

「KNIMEを使ってプレートのアッセイデータを解析する」という内容の後半部分について説明をしたいと思います. 解析といっても,今回は得られたデータをヒートマップで表示するということと,化合物の阻害活性IC50値を算出するということをKNIME上で行います…

【前半】KNIMEを使ってプレートのアッセイデータを解析する(プレートデータの読み込みとアッセイデータとの結合)

約3か月ぶりの投稿になってしまいましたが,久々にKNIMEに関する記事を書いています. 今日は,96プレート,384プレートなどを使って,酵素アッセイや細胞評価アッセイを行った結果から,シグモイドのフィッティングやIC50値の算出を行う,ということをKNIM…