t_kahi’s blog

KNIMEやCellProfiler、創薬に関する記事と,日々のメモです

2018-05-01から1ヶ月間の記事一覧

【KNIME】PubMedの検索結果(タイトル・出版年月日・アブストラクト等)をKNIMEを使ってまとめて取得する

PubMedで検索した結果(タイトル・出版年月日・アブストラクト等)を複数取得したいと思い,KNIMEを使用してまとめてみました. 下記ブログでpythonなどを使って論文情報を取得していることを,今回はKNIMEを使って行いました. PubMed APIの書き方などは以下…

【KNIME】MouseMineからマウスの表現型をとってきて,KNIMEを使ってまとめてみた

前回,MGIのサイトから表現型の全データをダウンロードしてきて,KNIMEを使ってまとめてみました. http://t-kahi.hatenablog.com/entry/2018/05/01/003455 全データを取得することができるのですが,ある特定の表現型のデータだけで十分という場合は多いと…

MGI(Mouse Genome Informatics)からマウスの表現型情報を取得して,KNIMEを使ってまとめてみた

創薬ターゲット分子の重要な情報の一つに,ノックアウトマウスの表現型データがあります. 例えば,何か標的分子の阻害剤を作りたいと考えたとき,表現型のデータを見ることで,その遺伝子を抑えた際に一番強く出る作用を観察することができます.(もちろん…