こんにちは，@PKです. こちらは，創薬アドベントカレンダー（Wet）4日目の記事です． 創薬 (wet) Advent Calendar 2019 - Adventar 創薬アドベントカレンダー1~3日目ではCellProfilerの使い方を紹介しましたが，（創薬Wet記事というよりはCellProfilerの使い…

こんにちは，@PKです. こちらは，創薬アドベントカレンダー（Wet）3日目の記事です． 創薬 (wet) Advent Calendar 2019 - Adventar 1日目と2日目の記事は下記になります． 【CellProfiler】Example pipeline（Fruit fly cells）で画像解析の基礎を学ぶ①：画…

こんにちは，@PKです. こちらは，創薬アドベントカレンダー（Wet）2日目の記事です． 創薬 (wet) Advent Calendar 2019 - Adventar 1日目にはExample pipeline（Fruit fly cells）で画像解析の基礎を学ぶ①で使用する「Fruit fly cells Pipeline」の概要と，…

こんばんは，@PKです. 創薬アドベントカレンダー（Wet）1日目の記事です． 創薬 (wet) Advent Calendar 2019 - Adventar 今回は，High Content Analysisの画像解析ツールCellProfilerの使い方について，簡単ではありますが紹介したいと思います． 以前ブログ…

こんにちは，@PKです. 本日は，Markdown形式で書くことができる情報整理のツールについて紹介します． Mardownと情報収集 Markdownで書けるツール MDwiki Blog (Markdown) HackMD 終わりに Mardownと情報収集 Markdown（マークダウン）は、文書を記述するた…

こんばんは，@PKです. 今回は化合物処理の時系列データから変化量を計算するKNIME Workflowについて紹介します． はじめに KNIME Workflowの概要 「Column Rename (Regex)」を使用してカラム名を変更 「Lag Column」で変化量を計算する 「Math Formula」で変…

こんにちは，@PKです. 今回は本当に初心者のためのKNIMEインストール方法について紹介します． KNIME始めてみたいけど，インストールどうやるのだろう，という方向けの内容になっています． バージョン管理も考慮したインストール方法の詳しい解説は下記にも…

こんにちは，@PKです. 昨日のmishima.syk#14でKNIMEについて話をさせていただきました． connpass.com 私以外にはIT系の話題や，@bonohuによる「CWLに関する話」，@antiplasticsの「一細胞オミックスのための新GSEA手法」など非常に技術・サイエンスレベルが…

こんばんは，@PKです. ある遺伝子のリストに含まれる遺伝子をシグナルや機能ごとにクラスタリングをしたいと思い，調べていたところ，Dr.Bonoの本にMetascapeを使って遺伝子リストから機能の情報を取得する項目がありました． 今更なのですが，このDr.Bono本…

こんばんは，@PKです. これまでブログで紹介してきたように，KNIMEはGUIの画面上でプログラムを実行するものですが，作り込んだWorkflowを定期的に実行する場合に，毎回KNIMEを立ち上げてWorkflowを開いて実行するのは少しめんどくさいですよね． 今回はGUI…

I posted blog about calculation of Quadratic Entropy (QE) before. www.t-kahi.com Today, I will calculate and compare the diversity indices, Quadratic Entropy (QE), Shannon Entropy & Simpson index. these diversity indices were used to evalu…