t_kahi’s blog

KNIMEやCellProfiler、創薬に関する記事と,日々のメモです

【Metascape】遺伝子データセットをシグナルや機能ごとにクラスタリングする

こんばんは,@PKです. ある遺伝子のリストに含まれる遺伝子をシグナルや機能ごとにクラスタリングをしたいと思い,調べていたところ,Dr.Bonoの本にMetascapeを使って遺伝子リストから機能の情報を取得する項目がありました. 今更なのですが,このDr.Bono本…

KNIME WorkflowをGUI画面を介さずにコマンドプロンプトで実行する!(Windows)

こんばんは,@PKです. これまでブログで紹介してきたように,KNIMEはGUIの画面上でプログラムを実行するものですが,作り込んだWorkflowを定期的に実行する場合に,毎回KNIMEを立ち上げてWorkflowを開いて実行するのは少しめんどくさいですよね. 今回はGUI…

Comparison of diversity index (Quadratic entropy, Shannon entropy & Simpson index)

R

I posted blog about calculation of Quadratic Entropy (QE) before. www.t-kahi.com Today, I will calculate and compare the diversity indices, Quadratic Entropy (QE), Shannon Entropy & Simpson index. these diversity indices were used to evalu…

Calculate Rao's Quadratic Entropy (QE) to evaluate cell-cell heterogeneity for HCA

R

High Content Analysis (HCA) is one of the powerful tools for the drug discovery. High-content screening (HCS), also known as high-content analysis (HCA) or cellomics, is a method that is used in biological research and drug discovery to id…

【KNIME】KNIMEでクラスタリング(3):DBSCAN

こんばんは,@PKです. これまでk-meansや階層型クラスタリングなどのでクラスター分析について紹介しました. www.t-kahi.com www.t-kahi.com 今回はKNIMEでDBSCANクラスリングについて紹介します. DBSCANについて DBSCAN サンプルデータ作成 「DBSCAN」ノ…

【KNIME】KNIMEでクラスタリング(2):階層型クラスリング

こんばんは,@PKです. 前回KNIMEでクラスタリング(1)でk-meansでクラスター分析について紹介しました. www.t-kahi.com 今回はKNIMEでの階層型クラスリングについて紹介します. 階層型クラスタリングについて 階層型クラスタリング サンプルデータ作成 「Hi…

【CellProfiler】メタデータを扱う際にUTF-8のBOMでエラーが起きた

CellProfilerで解析をしているときに文字コードエラーで少し悩んだのでメモしておきます. CellProfilerで画像ファイルとメタデータ(画像ファイルとWell配置,処理条件などが記載されたファイル)を”Metadata”モジュールで紐つけて,実行したところ下記エラ…

【KNIME】KNIMEでクラスタリング(1):k-meansでクラスター分析

こんばんは,@PKです. クラスター分析といえば,階層型クラスタリングやk-meansなどが有名かと思いますが,KNIMEでもクラスター分析に関するノードがいくつか用意されています. 今回はクラスター分析に関するKNIMEノード紹介と,k-meansでクラスター分析を…

【CellProfiler】Transfluor Assayの画像データをCellProfilerで解析する

こんばんは,@PKです. 今回はTransfluor Assayの画像データセットを解析するCellProfilerのPipelineを紹介します. CellProfilerは,HCAの画像解析を行うフリーソフトウェアです. CellProfiler | Free open-source software for measuring and analyzing ce…

【CellProfiler】MeasureTextureの測定で出力される「Scale」について

以前CellProfilerのテクスチャ測定に関するモジュールについて紹介しました. www.t-kahi.com 「MeasureTexture」は質感が異なるようなオブジェクトを認識することができます. Measurement — CellProfiler 3.0.0 documentation このテクスチャーモジュール…

【KNIME】〈後編〉Support Vector Machine (SVM) のKNIME Workflowについて:RとPythonノードの実行

こんばんは,@PKです. 前回の記事では,Support Vector Machine (SVM) のKNIME Workflowについて紹介しました. www.t-kahi.com 今回はSVMのKNIME WorkflowをRやPythonのノードを使って行うWorkflowを紹介します. KNIME Workflow概要 「R Learner/Predictor…