t_kahi’s blog

KNIMEやCellProfiler、創薬に関する記事と,日々のメモです

【KNIME】線形判別分析 (Linear Discriminant Analysis) をKNIME Workflowで行う

こんにちは,@PKです. 今日は判別分析の一種である線形判別分析(Linear Discriminant Analysis)のKNIME Workflowについて紹介したいと思います. 線形判別分析(Linear Discriminant Analysis) とは KNIME Workflowの概要 「Linear Discrimination Analysis」…

【KNIME】KNIMEでBootstrap:母集団の統計量(中央値)のばらつきを考える

こんばんは,@PKです. 先日KNIMEで使用できるサンプリングノードに関する紹介をしました. www.t-kahi.com 今日はこの中でも,「Bootstrap sampling」を利用したBootstrap法を使って,母集団の統計量(今回は中央値)のばらつきを出すKNIME Worklowを紹介し…

【KNIME】KNIME Workflowのサンプリングノードについて

こんばんは,@PKです. KNIME Workflowでデータのサンプリングをする方法をいくつか調べていたのですが,主に3つのサンプリング手法のノードが提供されているようです. それぞれのノードを使った詳細なWorkflowは別の機会で紹介したいので,今回はそれぞれの…

【KNIME】複数のデータからそれぞれ最小・最大値を含む行を除くKNIME Workflow

こんばんは,@PKです. 同僚から相談があり,複数のデータからそれぞれ最小・最大値を含む行を除きたい,と相談があって調べていました. イメージとしては以下の通りで,それぞれの条件のデータから"Cell Count"が最小値・最大値のデータを除いて出力する,…

【KNIME】〈後編〉QuickFormが便利!PubMed APIで論文の要旨を取得する

こんばんは,@PKです. QuickFormノードを使ってPubMed検索ワード入力を行い,PubMed APIで論文アブストラクトを取得するKNIME Workflowの紹介です. Workflowの概要とQuickformについては前編で紹介しております. QuickForm素敵なので,ご覧になっていない…

【KNIME】〈前編〉QuickFormが便利!PubMed APIで論文の要旨を取得する

こんばんは,@PKです. PubMed APIを使って論文の情報をKNIME上で取得する,という内容について以前ブログで紹介しました. 【KNIME】PubMedの検索結果(タイトル・出版年月日・アブストラクト等)をKNIMEを使ってまとめて取得する - t_kahi’s blog 今日は少し…

【KNIME】Kolmogorov–Smirnov検定(KS-test)をKNIME Workflowで行う

こんばんは,@PKです. 今日はKNIMEでKolmogorov–Smirnov検定(KS-test)を行うWorkflowを紹介したいと思います. Kolmogorov–Smirnov検定(KS-test)とは KNIMEworkflow概要 まとめ(とおまけ) Kolmogorov–Smirnov検定(KS-test)とは Kolmogorov–Smirnov検定とは…

【KNIME】Transpose rows to multiple columns by category

Hi, I'm @PK. I tried to transpose rows to multiple columns by category. The example below showed the transpose of sample data. To solve this issue , I made KNIME workflow below. First, I read sample data which contains two columns, "compou…

【KNIME】重回帰分析をKNIME Workflowで行う

こんにちは,@PKです. 前回は単回帰分析でしたので,今回は重回帰分析編です. www.t-kahi.com 散布図・回帰直線の作成,回帰分析結果を出力し,KNIMEで重回帰分析を行う際はどのノードを使うのが良いかを考えてみます. また,交互作用を考慮した重回帰分析…

【KNIME】単回帰分析をKNIME Workflowで行う:「R snippet」&「Liner Regression Learner」

こんにちは,@PKです. 今回はKNIMEで単回帰分析を行うWorkflowについて紹介します. 散布図・回帰直線の作成,回帰分析結果を出力し,どのノードを使うのが良いかを考えてみます. KNIME Worlkflowの概要 「R view」で散布図と回帰直線の作成 単回帰分析の回…

【KNIME】全てのカラムの数値データをループで処理する

こんばんは,@PKです. 今回は,数値データを含む全てのカラムをループで処理するKNIME Workflowについて紹介します. はじめに Workflowの概要 サンプルデータ取得⇒前処理 ループ処理について まとめ はじめに 以前にKNIME Workflowによる実験データの数値処…