t_kahi’s blog

KNIMEやCellProfiler、創薬に関する記事と,日々のメモです

【KNIME, CellProfiler...】t_kahi's blog 記事まとめ

記事が増えてきて自身で探すのが難しくなってきたのでKNIMEとCellProfilerを中心に記事まとめを作成しました. 今後はこちらにもアップデートしていきます. KNIME KNIMEのインストール方法について KNIMEとデータ分析 KNIMEとデータ処理 KNIMEとデータベー…

HCAにおけるプレート選定:Microplate Selection and Recommended Practices in High-throughput Screening and Quantitative Biology in Assay Guidance Manual

こんばんは、@PKです。 この記事は創薬 (wet) Advent Calendar 2022の2日目です。 1日目の記事ではAssay Guidance Manualの中のMicroplate Selection and Recommended Practices in High-throughput Screening and Quantitative Biologyから一般的なマイクロ…

実験に使うマイクロプレートについて:Microplate Selection and Recommended Practices in High-throughput Screening and Quantitative Biology in Assay Guidance Manual

こんばんは、@PKです。 この記事は創薬 (wet) Advent Calendar 2022の1日目です。 今回はAssay Guidance Manualの中のMicroplate Selection and Recommended Practices in High-throughput Screening and Quantitative Biologyに記載されているマイクロプレ…

【CellProfiler】moduleのdescriptionを日本語で書くとエラーが出た

こんにちは、@PKです。 学生さんのためにCellProfilerの解析パイプラインを作っていたのですが、文字コードのエラーが出たのでメモとして残しておきます。 作成したパイプラインを動かすと、「ExportToSpreadsheet」起動中に文字コードのエラーが出ました。 …

【CellProfiler】EnhanceOrSupressモジュールを使ったフィラメント状のオブジェクト認識について

こんにちは、@PKです。 最近、組織染色におけるフィラメント状のオブジェクト認識をCellProfilerでどのように解析するかを考えていました。 せっかくなのでサンプル画像を使って実施した検討をまとめておきます。 サンプル画像について 今回の検討の概要 Col…

【KNIME】列の平均値や最小・最大値の計算は「Math Formula」を使う、で良い

こんばんは、@PKです. KNIMEで、この計算を簡単にできないのかなぁと思うことがあり、KNIME Forumでやりとりした内容のメモです.ユーザーコミュニティは本当にありがたいですね. forum.knime.com 以下のWorkflowの"Column Expression"と"Math Formula"を…

IC50/EC50値の算出について:Assay Operations for SAR Support in Assay Guidance Manual

こんばんは、@PKです. 今回はAssay Guidance Manualの中の「Assay Operations for SAR Support 」に記載されているIC50/EC50の決定に関して少し紹介したいと思います. www.ncbi.nlm.nih.gov 化合物の阻害活性または反応活性を算出する際には、一般的に用量…

スクリーニング学実践テキストはスクリーニング・アッセイ系構築初学者に最適な本でした

こんばんは@PKです. 先日発売になったスクリーニング学実践テキストを(ようやく)購入しました. これはmust buyです! https://t.co/pyEkROvqmx— PK (@t_kahi) 2022年6月18日 紙の本だけでなく、電子書籍版が発売されていたのでそちらで購入してiPadで楽…

「Designing small molecules for therapeutic success: A contemporary perspective」を読んだ

こんにちは,@PKです. 先日、「Designing small molecules for therapeutic success: A contemporary perspective」という論文を読みました(著者はPfizerのDepartment of Medicine Design). doi.org とても面白い内容でした.以下メモです. Phase II突破…

GPCRの空間的なcAMP制御に関する論文について

こんにちは、@PKです. GPCR受容体と空間的なcAMP制御のメカニズムについての論文が面白かったです. www.sciencedirect.com cAMPは、GPCR Gs, Giシグナルの下流で働くセカンドメッセンジャー分子としてよく知られています. GPCRには様々なリガンド・受容体…

「世界はシステムで動く」という本が面白かった

こんばんは,@PKです. 昨年度は仕事が立て込み、気がついたら前回のブログ更新から一年弱経っていてとても驚きました. 振り返ると(良くも悪くも)色々と学びが多かった一年でした.lessons learnedがたくさんあり、個人メモに書き溜めています… さて、ブロ…

DeepLabCutを少し試した

こんばんは,@PKです. 先日、行動薬理試験を効率化したいという話になったので、その辺りの効率化ができそうなOSSを調べていて、DeepLabCutというのが良いらしいので少し試してみました. DeepLabCut — The Mathis Lab of Adaptive Motor Control このソフト…