記事が増えてきて自身で探すのが難しくなってきたのでKNIMEとCellProfilerを中心に記事まとめを作成しました． 今後はこちらにもアップデートしていきます． KNIME KNIMEのインストール方法について KNIMEとデータ分析 KNIMEとデータ処理 KNIMEとデータベー…

こんばんは、@PKです。 今年も1年お疲れ様でした。 あっという間に一年が過ぎてしまって驚いています。 結局ブログの更新は年始しかできなかったですが、面白い論文を色々Xで紹介したり色んな方と交流できて楽しく過ごせました。（自分の論文も書こうね！）…

こんにちは、@PKです。 年末に友人から「休み時間の免疫学」という本を教えてもらったので年末年始で読んでいました。 休み時間の免疫学 第3版 自分の実験で何気なく炎症性サイトカインやケモカインなどを使っていたのですが、（今更だけど）改めて免疫学で…

こんばんは、@PKです。 この記事は創薬 (wet) Advent Calendar 2022の2日目です。 1日目の記事ではAssay Guidance Manualの中のMicroplate Selection and Recommended Practices in High-throughput Screening and Quantitative Biologyから一般的なマイクロ…

こんばんは、@PKです。 この記事は創薬 (wet) Advent Calendar 2022の1日目です。 今回はAssay Guidance Manualの中のMicroplate Selection and Recommended Practices in High-throughput Screening and Quantitative Biologyに記載されているマイクロプレ…

こんにちは、@PKです。 学生さんのためにCellProfilerの解析パイプラインを作っていたのですが、文字コードのエラーが出たのでメモとして残しておきます。 作成したパイプラインを動かすと、「ExportToSpreadsheet」起動中に文字コードのエラーが出ました。 …

こんにちは、@PKです。 最近、組織染色におけるフィラメント状のオブジェクト認識をCellProfilerでどのように解析するかを考えていました。 せっかくなのでサンプル画像を使って実施した検討をまとめておきます。 サンプル画像について 今回の検討の概要 Col…

こんばんは、@PKです． KNIMEで、この計算を簡単にできないのかなぁと思うことがあり、KNIME Forumでやりとりした内容のメモです．ユーザーコミュニティは本当にありがたいですね． forum.knime.com 以下のWorkflowの"Column Expression"と"Math Formula"を…

こんばんは、@PKです． 今回はAssay Guidance Manualの中の「Assay Operations for SAR Support 」に記載されているIC50/EC50の決定に関して少し紹介したいと思います． www.ncbi.nlm.nih.gov 化合物の阻害活性または反応活性を算出する際には、一般的に用量…

こんばんは@PKです． 先日発売になったスクリーニング学実践テキストを（ようやく）購入しました． これはmust buyです！ https://t.co/pyEkROvqmx— PK (@t_kahi) 2022年6月18日 紙の本だけでなく、電子書籍版が発売されていたのでそちらで購入してiPadで楽…

こんにちは，@PKです. 先日、「Designing small molecules for therapeutic success: A contemporary perspective」という論文を読みました（著者はPfizerのDepartment of Medicine Design）． doi.org とても面白い内容でした．以下メモです． Phase II突破…

こんにちは、@PKです. GPCR受容体と空間的なcAMP制御のメカニズムについての論文が面白かったです． www.sciencedirect.com cAMPは、GPCR Gs, Giシグナルの下流で働くセカンドメッセンジャー分子としてよく知られています． GPCRには様々なリガンド・受容体…